Witam

Oto rozwiązany test z inż. gen z 1 terminu (19.06.2006). Konkretnie to grupa B… Co by nie było myślę ze się przyda nie jednemu … Jeśli chodzi o pewność do prawidłowych odpowiedzi to pierwsza sprawa ze są one konsultowane z dziewczynami które dostały 4.5 i 4.0.. (dzieki im za to) a były to 2 z 3 najlepszych wyników potem już same 3.5 … 3 i .. .. a po drugie, ze tak powiem, prof. Andrzej sam się na ten temat trochę wypowiedział nawet nie będąc tego świadomym…tutaj słowa uznania dla kilku dziewczyn - one wiedzą o kogo chodzi ( sumując : tam gdzie będzie pisać `100%' znaczy ze potwierdzone przez endrju )

I oczywiście wielkie dzieki dla fotografa bez niego nic z tego by nie powstalo

Już mogę ? No to:

1.Ktore z podanych niżej związków mogą być wykorzystane do znakowania fragmentu DNA przy wykorzystaniu kinazy polinukleotydowej:

A) dATP, znakowany 32P w pozycji γ (gama)

B) ATP , znakowany w pozycji α (alfa)

C) dGTP , znakowany w pozycji α lub γ (alfa lub gama- obojętnie)

D) [γ(gama)-32P]-ATP

E) [α(alfa)-32P]-dATP

prawidłowe : D tylko !!.. nie wiem czemu nie A ale tak jest - ciekawskich odwoluje do pokoju c17 budynku F4 (100%)

2.Pytanie na temat pożywki M9 :(jej charakterystyka)

A) zawiera ampicyline

B) zawiera tylko zwiazki organiczne

C) zawiera tylko zwiazki nieorganiczne

D) ma ściśle zdefiniowany skład

C) po dodaniu glukozy otrzymamy pozywke LB

prawidlowe : D!! tylko (100%)

3. W celu otrzymania preparatu DNA plazmidowego z kom. bakteryjnej dodano NaOH w takiej ilosci iz wartosc pH wynosila 12.5 Ktory z opisow / charakterystyk jest prawdziwe:

A) w tych warunkach caly dsDNA jaki znajdowal sie w komorce ulegl dysocjacji do

pojedynczych nici

B) w tych warunkach dysocjacji do pojedynczych nici ulegly fragmenty DNA ktore sa w

formie superzwinietej (supercoiled)

C) w tych warunkach wszystkie koliste czasteczki ulegaja dysocjacji

D) po zakwaszeniu do pH ok 7.00 tak przygotowany zdenaturowany DNA plazmidowy moze

byc latwo oddzielony od chromosowego

E) po zakwaszeniu do ok pH=7.00 tak przygotowany zdenaturowany DNA chromosomu

bakteryjnego moze byc latwo oddzielony od plazmidowego

prawidlowe: E (bez komentarza ) (100%)

4.Przy pomocy nukleazy S1 mozna znakowac koniec 5' trankskryptu. Przy pomocy tego samego enzymu mozna zmapowac tez 3' koniec po wprowadzeniu odpowiednmich zmian do naszych działan. Ktore z ponizszych czynnosci ma miejsce TYLKO podczas mapowania 3' konca :

A) znakowanie DNA przy wykorzystaniu gama -32P -ATP

B) znakowanie DNA przy wykorzystaniu alfa -32P -dATP

C) denaturacja DNA i elektroforeza

D) reakcja przy udziale rekombinowanego enzymu uzywanego przez retrowirusy do syntezy

DNA na bazie RNA

E) reakcja przy udziale polimerazy DNA I

prawidłowe : B i E (99,9% albo i nawet 100%)

5. Pewien student zamierzał otrzymac bibliotekę z mutacjami kasetowymi w obrebie centrum aktywnego enzymu XYZ. No i madrala zrobił jakoś tak:
gen XYZ dał do wektora pUC18, wstawił go tak, że nie zaburzał ramki odczytu LacZ', czyli gdy dało sie do odpowiedniej komórki (takiej, w której daje sie prowadzić selekcję biało-niebieską) powstaje aktywna B-galaktozydaza. wyciął kasetę, którą chciał zmienić, oddzielił przez elektroforezę od reszty wektora, wziął wektor bez kasety i kinazą polinukleotydową usunął reszty fosforanowe z 5' końców - żeby nie doszło do samoligacji wektora, po czym dodał syntetyczne oligonukleotydy. Mniej wiecej to brzmialo cos jak to chociaz oczywiście nic pewnego :D. Jak dla mnie to ten student powinien dostac nobla i 4.0 u Andrzeja z marszu !

A) rekombinanty beda niebieskie

B) rekombinanty nie beda niebieskie

C) te co sie same zligowaly (nierembionanty) nie beda niebieskie

D) te co sie same zligowaly stanowia jedynie 1,2 % w porownaniu do eksperymentu

kontrolnego gdzie nie było defosforylacji

E) w komorkach nie bedzie aktywnosci enzymu XYZ

prawidlowe : najprawdopodobniej D i E (i moze C ale to mniej prawdopodobne) są ździebko

rożne wersje

6.Mamy gen w pojedynczej kopii. Chcac go wykryc uzyto sondy o odpowiednio do niego (tego genu) komplementarnej sekwencji. Byla to metoda fluorescecyjna FISH a eksperyment przeprowadzono na chromosomach w trakcie profazy. Co zaobserwowano:

A) 2 sygnaly fluorescencyjne blisko siebie

B) 2 sygnaly fluorescencyjne

C) 2 pary sygnalow fluor.

D) 4 sygnaly blisko siebie

E) 4 pary sygnalow

prawidłowe: nic pewnego ale wg tych czwórkowych i nie tylko to C !! Czemu ? nie mam

pojecia ja zrobiłem A czyli bzdure

7.Cztery klony BAC fragmentow ludzkiego genomowego DNA (A, B, C, D) zbadano na obecnosc sekwencji STS (5 sekwencji oznaczonych 1-5). Ich obecnosc w poszczegolnych genach przedstawia tabelka poniżej, przy czym + oznacza obecnosc STS w danym klonie:

STS

DNA 1 2 3 4 5

A + + +

B + +

C + +

D + +

Powyzsze wyniki wskazuja na to iz klony te skladaja sie na nastepujaca sekwencje:

A) A-B-C-D

B) D-C-B-A

C) A-B-D-E; klon C nie "pasuje" do pozostalych

D) D-A-C-B

E) D-A-B-C

prawidlowe: napewno E (w zasadzie to jakby tak założyć ze klon C ma dwa razy sekwencje STS numer 3 na początku i koncu to i odp D byłaby dobra - ale tego raczej nikt nie zaznaczal - ja tylko zasiewam wątpliwości i pozostawiam do wlasnych przemyslen). Kto by chciał bardziej zrozumiec to pytanie to polecam „chodzenie po chromosomie” i to w wykładzie na temat „strategii zachodzących klonów jako metoda analizy cale genomu”. Bo tak wytłumaczyć tutaj to ja nie umiec raczej …

8.Byl rysunek wektoru (umieszczam jego dolny fragment niestety wiecej nie mam):

A) wektor posiada gen markerowy

B) wektor jest kosmidem

C) korzystajac z wektora mozna prowadzic transkypcje in-vitro przy wykorzystaniu

polimeraz fagowych

D) wektor pozwala na badanie aktywnosci promotorow eukariotycznych

E) wieksza ilosc preparatu wektora potrzebna do analiz mozna uzyskac hodujac bakterie

transformowane tym wektorem

prawidłowe: A i E raczej na pewno . i calkiem prawdopodobne ze D... i mozliwe C /// :) -

Tutaj dodam ze inne grupa miala inny rysunek (BlueScript ) i podobno była tam jedna prawidlowa odp : ze rysunek przedstawia fagemida !!

9.Po przeprowadzeniu sekwencjonowania DNA wedlug metody dideoksy Sangera (korzysta sie z analogow 2',3'-dideoksy trifosforanow nukleotydów) otrzymano przedstawiony nizej autoradiogram :

ddATP ddCTP ddGTP ddTTP

3'

5'

Która sekwencja będzie odpowiadała sekwencji nici matrycowej (czyli badanej):

A) 3'TACGT5'

B) 5'TGCAT3'

C) 3'ACGTT5'

D) 5'ATGCA3'

E) 5'TTGCA3'

F) zadna z powyzszych sekwecnji nie jest prawidlowa

Czytam sekwencje Od dolu: 5'TGCAT3'. Jest to sekwencja nici komplementarnej do naszej badanej. Czyli sekwencja nici matrycowej : 5'ATGCA3' czyli D !

10. Kazdy rodzic ma dwa allele genu X. moze on miec postac dziką - dominujaca(A) -ZDROWA...albo zmutowaną - recesywną(a)- wywołuje hemofilie albo cos równie paskudnego - o już wiem : anemie sierpowatą. W przypadku zmutowanej wersji gen nie jest przecinany przez enzym restrykcyjny np. EcoRI bo nie ma miejsca rozpoznawanego przez ten enzym i otrzymujemy jeden tylko fragment o dł. 1,3 kb. Jesli tniemy gen dziki to otrzymujemy 2 fragmenty : 1,1kb i 0,2 kb. Znaczy gdzies tam w srodku ma jedno miejsce które jest rozpoznawane przez ten enzym restrykcyjny.

Pytanie: Jakie fragmenty bedziemy widziec u rodzicow ktorych PRZYSZLE DZIECKO MA 25% PRAWDOPODOBIENSTWO NA ZACHOROWANIE NA TĄ CHOROBE

Prawidlowe: czyli dziecko musi byc homozygota recesywna 'aa'. zeby tak sie stalo to rodzice sa heterozygotami A/a.

A) mozna zaobserwowac obecnosc fragmentow 1.1 kb i 0.2 kb u obojga rodzicow

B) mozna zaobserwowac obecnosc fragmentow 1.3 kb i 0.2 kb u obojga rodzicow

C) mozna zaobserwowac obecnosc fragmentow 1.3kb u jednego z rodzicow i 1,1kb oraz 0.2

kb u drugiego z rodzicow

D) ...tez zle nie chce mi sie pisac (cos w stylu C)

E) u obojga rodzicow wszystkie trzy fragmenty :1,3kb .. 1,1kb... 0.2kb

tylko E PRAWIDLOWE !!!! NA (100%) kolezanka sie pytala samego andrzeja wiec nie dyskutowac ...mimo ze A i B tez są logicznie poprawne (bo nie ma tam slowa TYLKO) ale nie dla prof. Andrzeja ... wiec trudno

11.Plazmid X ma gen markerowy Amp^R czyli na ampicyline opornosc. Bierzemy jakiś inny plazmid co ma geny oporności na ampicylinę, chloramfenikol, erytromycynę, itp, itd. Tniemy go i kolekcję otrzymanych fragmentów wklonowujemy w nasz plazmid X, ten przenosimy do komórek i szukamy rekombinantów które dostały gen ooprności na chloramfenikol - jakich podłóż możemy użyć:

A) z ampicyliną

B) z chloramfenikolem i ampicyliną

C) z chloramcenikolem

d) erytromycyna i ampicylina

E) erytro i chloramfenikol

prawidłowe B i C (100%)

12.Wyobraź sobie ze dysponujesz klonem (tzn. sekwencją) jakiegos genu, który, mozesz przypuszczac na podstawie analiz genetycznych, jest zlokalizowany w odleglosci nie wiekszej niz 200kb od genu odpowiedzialnego za powstawanie jakies choroby.

Sposrod podanych ponizej czynności prosze wybrac TYLKO NIEKTORE skladajace sie w odpowiedniej sekwencji na eksperyment (technike) ktory pozwoli na odczytanie sekwencji w tym obszarze 200kb.

A) czesciowe trawienie DNA enzymem BamHI w celu otrzymania zachodzących na siebie

(względem sekwencji) fragmentow o dl ok. 20 kb

B) całkowite (wyczerpujące) trawienie DNA enzymem EcoRI

C) izolacja ludzkiego genomowego DNA

D) izolacja genomowego DNA z E.coli

E) Northern-blotting sondą otrzymana przy wykorzystaniu genu A

F) powtarzanie czynności opisanych w poprzednich dwóch etapach do momentu otrzymania

odpowiedniej ilości klonow

G) otrzymanie biblioteki w fagu lambda

H) przeszukiwanie biblioteki przy pomocy sondy przygotowanej w oparciu o sekwencje genu

A w etapie pierwszym, potem izolacja klonu hybrydowanego z sonda

I) subklonowanie fragmentu z konca nowoizolowanego klonu w celu otrzymania nowej

sondy do ponownego przeszukiwania biblioteki i identyfikacji nowego klonu

hybrydyzowanego z sond

Proszę wybrać, który z poniższych zapisów, nastepujacych po sobie czynnosci skladających sie na scharakteryzowany powyżej eksperyment, jest prawidłowy :

A) A-B-C-D-E-G

B) C-A-G-H-I-F

C) C-H-I-F-A

D) A-C-G-H-I-F

E) żadna

prawidlowe :B !! (100%)

13. Podane nizej enzymy restrykcyjne trawia DNA w specyficznych miejscach (jak ponizej) :

BamHI NheI Xbal EcoRI

5'-GGATCC-3' 5'-GCTAGC-3' 5'-TCTAGA-3' 5'-GAATTC-3'

3'-CCTAGG-5' 3'-CGATCG-5' 3'-AGATCT-5' 3'-CTTAAG-3'

Wszystkie one hydrolizuja wiazanie fosfodiestrowe pomiedzy pierwszym a drugim nukleotydem (liczac od 5' konca każdej linii - czyli lepkie konce robią),przy czym produkty ....(tu niestety brak tresci ale to raczej malo istotne)

Sposrod podanych ponizej zdan prosze wybrac prawdziwe:

A) EcoRI i BamHI to izoschizmoery

B) fragmenty poddane restrykcji przez NheI i Xbal mogą byc smialo ze soba zligowane

C)....np.NheI i Xbal są izoschizomerami (jakos w tym stylu było)

D)....np fragmenty poddane restrykcji przez EcoRi i BamHI mogą byc smialo ze soba zlgowane (to samo co C)

E) NheI i Xbal są kaudomerami

prawidlowe: B i E (100%)

14.Mamy opisany eksperyment restrykcji jakiegos faga. Najpierw 16ul DNA w probowce. Do tego dodajemy kolejno:

1. 2ul buforu

2. 2 ul roztworu z enzymem

Pytanie: Skoro optymalne stężenie NaCl dla enzymu to 50mM to jakie bylo wyjsciowe stezenie tej soli dodawanym buforze (po obliczeniach rozcieńczenie buforu wyszlo R=10)

A) 200mM

B) 10mM

C) 50mM

D) 500mM

E) trudno powiedziec bo za malo informacji

prawidlowe : tylko D (100%) no bo w sumie czemu nie

15. W trakcie elektroforezy w żelu agarozowym, w nieobecności bromku etydyny:

A) czasteczka dsDNA porusza sie w kierunku elektrody ujemnej

B) czasteczkki dsDNA sa obdarzone ladunkiem dodatnim

C) liniowe czasteczki dsDNA poruszaja sie tym szybciej im sa krotsze

D) superzwiniete czasteczki dsDNA poruszaja sie wolniej niz odpowiednie im

zlinearyzowane

E) fragmenty dsDNA o dlugosci 1006bp i 1007bp moga byc rozdzielone w celu

preparatywnym

prawidłowe: C i D - wiem ze D budzi spory ale mysle ze prof. Andrzej by je zaznaczyl

16.Dwie probki kompetentnych komorek E.coli poddano transformacji wektorem zawierajacym gen Amp^R (opornosc na ampicyline). I potem mamy dwie różne sytuacje:

1. dodano do nich niewielka ilosc pozywki plynnej i po ok. 2 min umieszczono na pozywce zawierajaca ampicyline.

2. dodano ta sama ilosci pozywki plynnej i po 30 min inkubacji umieszczono na pozywce z ampicylina.

Jakie zanotowano obserwacje:

A) szalka pierwsza 300 kolonii i szalka druga 300 kolonii

B) szalka pierwsza 300 kolonii i szalka druga 30 kolonii

C) szalka pierwsza 30 kolonii i szalka druga 400 kolonii

D) szalka pierwsza 0 kolonii i szalka druga 300 kolonii

E) szalka pierwsza 300 kolonii i szalka druga 0 kolonii

prawidlowe : tylko C !!! TYLKO C MÓWIĘ !! (100%)

17.Fragmenty (ramiona - w sumie 30kb) WEKTORA ZASTĘPCZEGO poddawano ligacji z fragmentami DNA majacymi prawidlowe konce lepkie odpowiednie do ramion wektora. Jaki maksymalny rozmiar mogl mieć wsczepiany w ten wektor odcinek:

A)8kb

B)40kb

C)100kb

D)20kb

E)22kb

prawidlowe: E (100%)

18.Doświadczenie ktorego celem jest nokaut genu mysiego XYZ. Komórki macierzyste, do których wprowadzany jest gen rekombinowany:

A) zawierają 1 allel zmutowany i 1 typ dzikiego genu XYZ

B) zawierają oba allele typu dzikiego

C) poddawane są selekcji, ktorej celem jest wybrac te w ktorych zaszla rekombinacja

niehomologiczna

D) sa oporne na dzialanie neomycyny

E) zawieraja gen Tk

prawidlowe : tylko B - andrzej potwierdzil !!

19.Kulisty DNA poddano linearyzacji enzymem dajacym konce lepkie. Nastepnie potraktowano go nukleza S1 i po zahamowaniu aktywnosci tejze nukleazy uzyto terminalej transferazy przy obecnosci dNTP. Najprawdopodobniej końce powstalego fragmentu DNA beda mialy charakter taki jak te pokazane w punkcie :

A) 5'AGCAATGGC3'

3'AGCTTCGT5'

B) 5'AGCAATGG3'

3'ACC5'

C) 5'AGCAATGG3'

3'TCGTTACC5'

D) 5'ACTAGCAA3'

3'TCGTTACC5'

E)zadne z powyzszych - nie wiadomo jaka poczatkowa sekwencja byla

prawidlowe : A - musza mieć lepkie konce i od stron 3' wystające (100%)

20. Pewien haploidalny szczep grzybaa Neurospora jest transgeniczny pod wzgledem genu lucyferazy. Gen ten nie wystepuje w szczepie dzikim. Szczep transgeniczny zostal skrzyzowany ze szczepem dzikim a powstale askospory poddano analizie PCR wykorzystujac startery specyficzne dla genu lucyferazy. Zakladajac, ze PCR przeprowadzono w sposob optymalny mozna przypuszczac ze udzial askospor dla ktorych zidentyfikowano specyficzny produkt wynosil :

A) 0%

B) 25%

C) 50%

D) 75%

E)100%

prawidlowe : 50 % !!!!!!!!!!! (100%)

no to teraz to już same 100% na poprawie będą …

Powodzenia !

Zgredek

---