Z poprawki:

Było na czym polega RealTime-PCR,

Northern blotting,

RACE,

RIP,

alfa-komplementacja (trzeba było wskazać które końce beta-galaktozydazy są kodowane w plazmidzie i genomie),
Co to Xrn1 (egzonukl 5'-3'),

co zrobić aby nie doszło do zamknięcia pustego wektora,

wskazać sekwencję palindromową,

wsk. miejsce cięcia restryktazy (było wiązanie fosfodiestrowe rozrysowane),

sekwencja TATA BOX gdzie wyst. (u wszystkich kręgowców, u niewielu, w obszarach CpG czy promotorach rozproszonych),

jak się nazywa wprowadzanie konstruktu do kom. eukariotycznej,

gdzie występują wyspy CpG (promotory rozproszone),

jak jest chronione prokariotyczne mRNA przed degradacją (str. II-rzędowe na końcu 3'),

od czego najczęściej rozpoczyna się degradacja eukariotycznego mRNA (od ogona, czapeczki, od środka lub jeszcze inaczej),

trochę pytań o miRNA, piRNA i siRNA (biogeneza, funkcja),

gdzie znajdują się satelity DNA (centromery),

zestresowanym prokariot (coś o białku TisB)...

i jeszcze, że w SINE nie ma genów dla polimerazy...

co to jest:
> xrn1 - egzonukleaza 5'-3'
> neoschizomery - enzymy rozpoznajace ta sama sekwencje palindromowa ale
> tnace w inny sposob
> alu - przyklad sine
> alkaliczna fosfataza - enzym usuwajacy P z 5' konca
> jak zapobiega sie zamykaniu wektora - alkaliczna fosfataza oraz wysoka
> temperatura
> gdzie znajduja sie dna satelitarne - w telomerach
> jakie rna powstaje bez udzialu droshy - siRNA

1) czego jest więcej? białek czy transkryptów w danej komórce
2) jak nazywa się wprowadzenie obcego materiału genetycznego do komórki eukariotycznej (transfekcja)
3) gdzie enzym restrykcyjny tnie DNA (do zaznaczenia na schemacie. przypominam że na końcach 3' zostaje grupa OH)
4) jakieś pytanie dotyczące tego enzymu który odcina końce 3'
5) o sekwencje LINE były dwa pytania
6) sekwencje TATA występują w przypadku mniej niż 30% transkryptów
7) sekwencje TATA zaliczają się do promotorów skupionych
6) lub 7) było właśnie nie pamiętam które
8) było ten kompleks enzymów który tnie od końca 3' przy degeneracji transkryptów
9) co ma procariotyczny transkrypt w ramach zabezpieczenia przed degradacją (tylko na końcu 3' sekwencja drugorzędowa)

Co to neoschizomer
-który ma największą pojemność - YAC
-Co to sekwencja ?Alu? - chyba SINE
-proces wprowadzania konstruktu - chyba transdukcja
-cos było o funkcji siRNA
-o enzymach syntezy miRNA,siRNA,piRNA

Białko PABC:

1. chroni ogonek poli(A) przed degradacją,

2. pozwala na degradację poli(A) poprzez oddziaływanie z nukleazą PAN,

3. łączy się bezpośrednio z CAP na końcu 5',

4. wszystkie odpowiedzi prawidłowe

(wszystkie odpowiedzi prawidłowe, chociaż tak naprawdę odp c) nie jest prawdziwa - oddziałuje poprzez białko eIF-4G oraz eIF-4E, dlatego ta odp jest dyskusyjna).

Wymień 4 Cechy ssRNA świadczące o tym, że to miRNA:

1. konserwatywność,

2. potwierdzona ekspresja (hybrydyzacja do specyficznych sond, które chcemy wykryć),

3. sekwencja komplementarna do regulatorowego mRNA/DNA powinna występować w jednym z ramion,

4. akumulacja prekursora, gdy zaburzona jest aktywność DICER.

Regulacja replikcji colE1 regulowana stężeniem:

1. RNAI,

2. RNAII,

3. RNAzy H,

4. wszystkich

(tylko RNAI - jest krótkożyjący, inne długożyjące - ich stęzenie nie wpływa)

Real-time PCR pozwala na:

1. Rzeczywisty pomiar stężeń produktów w czasie reakcji,

2. Pomiar stężeń produktów reakcji polimerazy w czasie trwania reakcji,

3. Przeprowadzenie reakcji polimerazy w czasie porównywalnym do czasu zachodzenia reakcji w komórce,

4. Wszystkie odpowiedzi prawidłowe

(b))

Kompleks miRNA-RISC bierze udział w procesie zapamiętywania poprzez:

1. oddziaływania z białkami CPSF oraz CPEB,

2. blokowanie translacji transkryptu dla CaMKII,

3. stymulowanie przyłączenia ogonka poli(A) do transkryptu dla CaMKII,

4. zdanie fałszywe odnośnie LimKI.

(odpowiedź b))

Kompleks miRNA-RISC wiąże się do:

1. 3'-UTR transkryptu,

2. 5'-UTR transkryptu,

3. sekwencji kodującej transkryptu,

4. wszystkie odpowiedzi są prawidłowe.

Wybierz zdanie prawdziwe:

1. pre-mRNA nie zawiera ogonka poli(A) I czapeczki na 5' końcu,

2. wszystkie pri-miRNA zawierają ogonek poli(A) I czapeczkę na 5' końcu,

3. wszystkie transkrypty aktywne translacyjnie zawierają ogonek poli(A),

4. ....

(pre-mRNA różni się od mRNA tylko tym, iż posiada jeszcze introny, poprawna odp - odp b))

Która metoda pozwala na stwierdzenie polimorfizmu na poziomie pojedynczych nukleotydów:

1. Wiązanie sondy do mniejszej bruzdy DNA - QuantiProbe Principle,

2. Hydrolizy sond - TaqMan Principle,

3. Real-time PCR z użyciem białka GFP - Sybr Green Principle,

4. Transfer energii rezonansu magnetycznego pomidzy fluoroforem a wygaszaczem - FRET Probe Principle.

(a))

Sytem HOK/SOK:

1. transkrypt dla HOK ulega w komórce dojrzewaniu do formy aktywnej transkrypcyjnie,

2. interakcja między transkryptem SOK I transkryptem HOK uniemożliwia degradację transkryptu HOK (transkrypt HOK ulega degradacji w nieobecności transkryptu SOK);

3. transkrypt dla HOK jest mniej trwały niż transkrypt dla SOK,

4. białko SOK przeprowadza degradację białka HOK.

Regulacja syntezy białka RepA:

1. białko Tap jest niezbędne do inicjacji translacji białka RepA,

2. transkrypt dla Tap oddziałuje z transkryptem dla RepA,

3. proces translacji białka Tap jest niezbędny do translacji białka RepA,

4. .....

Ile białek koduje ludzkie mitochondrialne DNA:

1. 37,

2. 150,

3. 13,

4. ponad 2 tysiące.

(odp c))

Elementami pozbawionymi LTR oraz aktywności odwrotnej transkryptazy jest:

1. retrotranspozony,

2. ERV,

3. SINE,

4. LINE.

Białko c na rysunku:

1. aktywuje restryktazę

2. aktywuje restryktazę I metylazę,

3. ....

4. ....

Napisz które fragmenty po trawieniu EcoRI zhybrydyzują z fragmentem C po trwieniu BamHI.

Fragment 6 I 9 nt.

Ile jest genów w ludzkim genomie. Ile z nich koduje białka? → ponad 20 tys, 1-3%

Podpisz rysunek:

Transpozon złożony.

Opisz sekwencje IS z powyższego rysunku:

­ jeden lub dwa geny kodujce transpozazę, która katalizuje transpozycję,

­ ITR (ang. invertedterminal repeats) ­odwrócone powtórzenia końcowe flankujce gen transpozazy.

Nazwij gen a na chromosomie X:

Xp22.1

Dopasuj funkcje do odpowiedniego RNA:

siRNA oddziałuje z chromatyną (?)

tRNA akceptor dla aa

snoRNA modyfikują rybosomy (?)

snRNA biorą udział w splajsingu

mRNA koduje sekwencję aa w białku

miRNA modyfikuje funkcjonowanie matrycy (?)

rRNA składnik rybosomu

Geny kodujące 5S RNA należą do rodziny: wielogenowej rodziny prostej (?)

Enzym obrabiający pri-miRNA to: Dorsha/DCGR8

Enzym obrabiający pre-miRNA to: Dicer

Kompleks transportujący pre-miRNA to: Eksportyna 5/RanGTP

Napisz w jaki sposób miRNA wpływa na translację:

1. zatrzymuje translację białka po utworzeniu kompleksu inicjacyjnego,

2. zapobiega utworzeniu kompleku inicjacyjnego (oddziaływania z końcem 5'),

3. degradacja transkryptomu (oraz magazynowanie w ciałkach P).

Napisz czym różnią się od siebie elementy LINE I SINE od retrotranspozonów: nie zawierają LTR, posiadają ogon poli(A) na końcu 3'.

Wybierz zdanie prawdziwe:

1. do degradacji RNA konieczne jest dodanie sekwencji poliaA przez TRAMP

2. jedynie fragmenty poliA ponad 100n chronią przed degradacją

3. nie wszystkie transkrypty mają poliA

4. wszystkie odpowiedzi są prawidłowe

Białko łączące się do miejsca A w rybosomie w przypadku no-go decay to ... (Ski7)

Chromosom bakteryjny

1. ma centromer jak każdy chromosom

2. zlokalizowany jest w nukeoidzie

3. jest kolisty

4. wszystkie są prawdziwe \

Egzosom:

1. kompleks białek degradujących 3'- 5' ale tylko po aktywacji przez koaktywatory

2. kompleks białek degradujących 5' - 3' ale tylko po aktywacji przez koaktywatory

3. bierze udział w splicingu

4. ma aktywność RNazy

Metoda RACE służy do: ........

Hybrydyzacja in situ służy do:

1. detekcji transkryptów wewnątrz komórki

2. detekcji białek wewnątrz komórki

3. detekcji genów wenątrz komórki

4. wszystkie odpowiedzi prawidłowe

Wektory reporterowe służą do:

1. syntezy białek reporterowych

2. badaniu aktywności promotorów

3. ...

Metoda RIP służy do: .........

Metoda Chip

1. oddzielenie białek cytozolowych

2. badanie oddziaływania białek z chromatyną in vivo

3. badanie oddziaływania białek z chromatyną in vitro

α-komplementacja:

1. odtworzenie ciągłości genu

2. samorzutna asocjacja podjednostek β-galaktozydazy

3. ..

4. A i B poprawne

Wybierz zdanie prawdziwe:

1. RNA I łączy się z RNAII i uniemożliwia mu utworzenie hybrydy z ori

2. coś o białku Rom

System hok - sok, hok jest aktywne gdy:

1. niedobór białka sok

2. niedobór mRNA sok

3. ....

Wyspy CpG:

1. dużo promotorów rozproszonych

2. dużo promotorów alternatywnych

3. nieaktywne transkrypcyjnie

4. dużo promotorów skupionych

Bakteriocyna, która znalazła szerokie zastosowanie w przemyśle:.... (nizyna)

Mikrosatelity to....

Geny na 5S rRNA to geny rodziny ....

Pseudogen:

1. niefunkcjonalne geny

2. geny, które ewolują w funkcjonalne

3. ...

RNA, które powstaje z udziałem Drosha

1. miRNA

2. piRNA

3. siRNA

4. A i C prawdziwe

Koniec 5' mRNA u prokariota jest chroniony:

1. przez struktury drugorzędowe

2. przez białka analogiczne do czapeczki

3. nie musi być chroniony bo prokariot nie ma ezgonukleaz 5'-3'

Dodanie ogona poliA u prokariota:

1. stabilizuje transkrypt

2. skraca czas życia transkryptu

3. ...

NMD zachodzi:

1. dla wszystkich transkryptów z PTC

2. dla trankryptów z PTC i intronami

3. ..

W jądrze do EJC łączy się:

1. UPF1

2. UPF2

3. UPF3

4. A,B,C

Sekwencja TATA box:

1. we wszystkich genach kręgowców

2. w mniejszości genów kręgowców

3. ma dużo wysp CpG

4. ..

---