FX ChemStruct 1.2

Wersja 1.203.2

(2014)

Instalka

http://www.efofex.com/

Przekład

Robert Wiśniewski

http://chomikuj.pl/bobwis

Strukturalne wzory chemiczne są bardzo trudne do rysowania za pomocą standardowych narzędzi grafiki, a nawet specjalizowanych narzędzi. Gdy nauczyciel musi szybko narysować strukturę np. taką jak kwas octowy, program FX ChemStruct wykona to łatwo. Wystarczy w tym celu wprowadzić ch3cooh, a program zrenderuje (sformatuje) to równanie do wymaganej postaci. Program świetnie integruje się z edytorem Word wstawiając swoje przyciski do jego pasków narzędzi, co pozwala na natychmiastowe wstawianie tworzonych wzorów strukturalnych do dokumentów Worda.

SPIS TREŚCI

1. Możliwości programu

1.1. Podstawowe koncepcje

2. Warunki licencyjne

2.1. Warunki ogólne

2.2. Licencja jednego użytkownika

2.3. Korzystanie z subskrypcji osobistej

2.4. Pełna licencja sieciowa / subskrypcja

2.5. Licencja dystrybucyjna / subskrypcja

2.6. Szczegóły

3. Instalacja

3.1. Wymagania systemowe

3.2. Instalowanie FX ChemStruct w komputerze

3.3. Uwagi instalacyjne

3.3.1. Uprawnienia Administratora

3.3.2. Dodawanie do Worda

3.3.3. Rejestracja

3.3.4. Adobe Acrobat

3.3.5. Zmiany w programie FX ChemStruct (opcja zaawansowana)

3.3.6. Automatyczna rejestracja i konfiguracja (opcja zaawansowana)

4. FX ChemStruct i Word

4.1. Dodawanie FX ChemStruct do Worda

4.2. Korzystanie z w MS Word

5. Korzystanie z FX ChemStruct

5.1. Dostęp do FX ChemStruct

5.2. Jak wprowadzać struktury ?

5.2.1. Struktury podstawowe

5.2.2. Struktury rozgałęzione

5.2.3. Pierścienie benzenowe

5.2.4. Teksty / komentarze nieformatowane

5.2.5. Klikanie na związku I

5.2.6. Klikanie na związku II

5.2.7. Obrót i odbicie

5.2.8. Oczyszczanie

5.2.9. Izomery

5.2.10. Strzałki

5.2.11. Spacje

5.2.121. Rodniki R oraz R'

5.2.13. Jon NO₂⁺

5.2.14. Wprowadzanie informacji o stanie fazowym

5.2.15. Nadpisywanie ładunków

5.2.16. Związki jonowe

5.2.17. Jony wieloatomowe

5.2.18. Struktury pierścieniowe

5.2.19. Zapobieganie tworzeniu wiązań

5.2.20. Znaki stopni

5.3. Wyświetlanie opcji

5.3.1. Ukrywanie wiązań wodorowych

5.3.2. Wyświetlanie ładunków

5.3.3. Związki bez wiązań

5.3.4. Zezwolenie na pary elektronowe

5.3.5. Pokazywanie wszystkich elektronów

5.4. Przykłady

5.4.1. Struktury rezonansowe

5.4.2. Węglowodory

5.4.3. EDTA (kwas wersenowy)

5.5. Edycja struktur

5.6. Co(NO3)2 staje się CO(NO3)2

5.7. Zmiana struktur

5.7.1. Menu Tools | Font (Narzędzia | Czcionka)

5.7.2. Menu Tools | Options / Equations (Narzędzia | Opcje | Równania)

5.7.3. Menu Tools | Options / Structures (Narzędzia | Opcje | Struktury)

5.8 Moje struktury nie są poprawnie formatowane

1. Możliwości programu

1.1. Podstawowe koncepcje

Program FX ChemStruct pozwala na łatwe rysowanie struktur chemicznych. Narysowanie czegoś takiego prostego jak np. kwas octowy wymaga pewnego czasu i jest zadaniem pracochłonnym. ale korzystając z FX ChemStruct jest to łatwe do wykonania.

W tym celu wystarczy:

• Załadować FX ChemStruct

• Wpisać ch3cooh

Program FX ChemStruct pobiera tą informacje i formatuje ją do powyższej struktury. Nie trzeba wskazywać co gdzie ma się znaleźć - wystarczy po prostu wpisać formułę struktury. Dotychczasowi użytkownicy FX ChemStruct uznali ten program za bardzo wygodny, prosty i skuteczny.

FX ChemStruct NIE MOŻE rysować wszystkich struktur chemicznych, ale rysuje szybko i łatwo większość z nich, które są wymagane w szkole średniej.

FX ChemStruct może rysować struktury chemiczne w wielu różnych stylach - nawet bez wiązań aby uczniowie mogli sami je dorysować.

A teraz mały przykład równania utworzone w FX ChemStruct.

Powyższe równanie zostało utworzone przez wpisanie:

bzcooh + socl2 => bzcocl + so2 + hcl

FX ChemStruct był pierwotnie zaprojektowany do rysowania cząsteczek organicznych, ale dodaliśmy do niego możliwość rysowania wielu cząsteczek nieorganicznych i jonów wieloatomowych.

2. Warunki licencyjne

2.1. Warunki ogólne

WAŻNE - Przeczytać to przed instalacją, kopiowaniem lub stosowaniem.

Nie należy korzystać ani ładować tego programu i związanego z nim materiału (noszących wspólną nazwę „program”) przed dokładnym przeczytaniem poniższych warunków licencyjnych.

Przez ładowanie lub korzystanie z tego programu, wyrażacie zgodę na te warunki.

Jeśli nie zgadzacie się z nimi, nie instalujcie tego programu.

Warunki ogólne

1. Nie można kopiować modyfikować, dzierżawić, sprzedawać, rozprowadzać ani przekazywać żadnej części tego programu zgodnie z warunkami tej licencji.
   

2. Nie można odtwarzać, dekompilować ani deassemblować tego programu.
   

3. Program ten może zawierać programy innych firm, które są licencjonowane na zasadach podanych m. in. w pliku tekstowym license.txt.

2.2. Licencja jednego użytkownika

Program ten może być wykorzystywany jednocześnie przez MAKSIMUM jednego użytkownika.

Program ten może być instalowany na kliku komputerach pod warunkiem, że NIE MA MOŻLIWOŚCI korzystania z niego w danym momencie przez więcej niż jednego użytkownika.

2.3. Korzystanie z subskrypcji osobistej

UWAGA: Dotyczy to tylko subskrybentów pakietu FX SciencePack.

Szczegóły - patrz dokumentacja oryginalna.

2.4. Pełna licencja sieciowa / subskrypcja

UWAGA: Pełna licencja sieciowa dostępna jest tylko jako część pakietu FX SciencePack.

Szczegóły - patrz dokumentacja oryginalna.

2.5. Licencja dystrybucyjna / subskrypcja

UWAGA: Pełna licencja dystrybucyjna dostępna jest tylko jako część pakietu FX SciencePack.

Szczegóły - patrz dokumentacja oryginalna.

2.6. Szczegóły

Prawa własności i prawa autorskie do tego programu

Szczegóły - patrz dokumentacja oryginalna.

Aktualizacja

Szczegóły - patrz dokumentacja oryginalna.

Ograniczenia gwarancji

Szczegóły - patrz dokumentacja oryginalna.

Wyłączenia innycch gwarancji

Szczegóły - patrz dokumentacja oryginalna.

Ograniczenia odpowiedzialności

Szczegóły - patrz dokumentacja oryginalna.

Przerwanie gwarancji

Szczegóły - patrz dokumentacja oryginalna.

Obowiązujące przepisy prawne

Szczegóły - patrz dokumentacja oryginalna.

3. Instalacja

3.1. Wymagania systemowe

Program FX ChemStruct można uruchamiać w komputerach pracujących w środowisku Windows 95 lub nowszym (Windows 95/98/Me/NT/2000/XP oraz Vista).  Potencjalnie wskazane jest korzystanie z procesora tekstu. W szczególności, obsługuje MS Word 2000 i nowsze.

3.2. Instalowanie FX ChemStruct w komputerze

W celu instalacji FX ChemStruct w systemie:

• Włożyć CD do stacji dysków
  

• Gdy CD nie uruchamia się automatycznie, wybrać polecenie Uruchom w menu Start, po czym wpisać d:\setup (gdzie d jest nazwą stacji CD)
  

• Kliknąć przycisk Product Information & Installation
  

• Wybrać na liście dostępnych programów FX ChemStruct
  

• Kliknąć przycisk Install

Program instalacyjny zapyta nas o nazwę katalogu w którym ma być wstawiony program po czym wykona wszystkie niezbędne operacje systemowe.

Program na CD będzie instalował aplikację w wersji o ograniczonym czasie korzystania. Gdy nie wprowadzimy niezbędnych informacji rejestracyjnych w ciągu 30 dni, program będzie pracował tylko w trybie próbnym TRIAL, Po zakupie licencji otrzymamy broszurę z informacją o rejestracji.

Program FX ChemStruct może być wykorzystany jako obiekt OLE łączący się z MS Word i w ten sposób może być stosowany. Nie ma wtedy potrzeby tworzenia osobnej ikony dla FX ChemStruct, ponieważ program ten będzie dostępny jako obiekt w MS Word (podobnie jak np. Word Art.).

3.3. Uwagi instalacyjne

3.3.1. Uprawnienia Administratora

W celu instalacji, program FX ChemStruct wymaga uprawnień Administratora. Nie jest to wymagane podczas pracy z programem.

3.3.2. Dodawanie do Worda

Dodawanie FX ChemStruct do Worda odbywa się automatycznie. Trzeba tylko wiedzieć z jakiej wersji Worda korzystamy i dokonać właściwego wyboru podczas instalacji programu.

Zaleca się aby przy instalacji FX ChemStruct, MS Word nie był uruchomiony,

3.3.3. Rejestracja

Gdy korzystamy z wersji TRIAL przed zakupem licencji:

• Wybrac wymaganą licencję (pełny opis - patrz plik informacji licencyjnej na dysku CD)
  

• Skontaktować się z lokalnym dystrybutorem Efofex (pocztą lub e-mail) w celu uzyskania aktualnych cen lub wyszukać je w Internecie na stronie domowej www.efofex.com.
  

• Zakupić kod rejestracyjny w Efofex lub u lokalnego dystrybutora i skorzystać z dołączonych instrukcji w celu rejestracji.

Po zakupie licencji, otrzymamy CD z dołączonymi informacjami:

 

Aby zarejestrować program:

• Wybrac polecenie menu Help | Register FX ChemStruct
  

• Kliknąć przycisk Enter Code
  

• Wpisać w polach Registered Name oraz Unlock Code dane dostarczone przez Efofex (korzystać z takich samych dużych liter i spacji jak w oryginale).

 Po klinięciu przycisku OK, FX ChemStruct będzie opracował poprawnie nawet po upływie 30 dni.

 

3.3.4. Adobe Acrobat

Wszystkie dostarczane podręczniki mają format PDF. W celu ich czytania lub drukowania wystarczy posiadać kopię programu Acrobat Reader V4.0 lub nowszą.

Jest on dostępny pod adresem www.adobe.com.

Przed ściągnięciem kopii tego programu, warto dla sprawdzenia kliknąć nazwę jednego z dołączonych plików PDF.

Bardzo prawdopodobne jest, że mamy już zainstalowana kopię Acrobat Reader w systemie

3.3.5. Zmiany w programie FX ChemStruct (opcja zaawansowana)

Standardowa instalacja programu FX ChemStruct wprowadza poniższe zmiany w systemie:

• W katalogu instalacyjnym (c:\Program Files\Efofex\FXE) domyślnie umieszczane są pliki exe, dokumenty Word oraz jego szablony, wersje PDF podręczników programu FX ChemStruct, program deinstalacyjny oraz plik informacyjny LOG.
  

• W panelu sterowania, w sekcji Dodaj / Usuń programy wstawiane są informacje deinstalacji , co pozwala na usunięcie programu z dysku i z katalogu instalacyjnego.
  

• FX ChemStruct rejestruje się w Rejestrze systemowym jako obiekt OLE a ponadto umieszczane są tam wszystkie inne niezbędne wpisy.
  

Dodatkowe informacje - patrz dokumentacja oryginalna.

3.3.6. Automatyczna rejestracja i konfiguracja (opcja zaawansowana)

Program FX ChemStruct ma wiele wbudowanych systemów, które ułatwiają automatyczną rejestrację oraz konfigurację

• Prosty plik konfiguracyjny - Jest to normalny plik FXCS1.ini, który można kopiować do dowolnego profilu lub wstawiać jako domyślny profil użytkownika.
  

• Domyślny plik konfiguracyjny i system rejestracji - Na każdym etapie można utworzyć domyślny plik konfiguracyjny.
  W tym celu ustawić zarejestrowaną kopię FX ChemStruct po czym wybrać opcję Write Default Configuration File w menu Tools. Plik ten o nazwie FXCS1_Defalult.ini zostanie zapisany w katalogu aplikacji FX ChemStruct.
  Plik ten znacznie upraszcza instalację.

Przy pierwszym uruchomieniu FX ChemStruct, program sprawdza czy istnieje domyślny plik konfiguracji w tym katalogu.

Jeśli istnieje, ładuje wszystkie opcje z tego pliku oraz zapisuje te opcje w profilu użytkownika i próbuje usunąć domyślny plik konfiguracji.

Nie jest przy tym generowany żaden komunikat o błędzie, gdy nie można usunąć tego pliku.

Takie zachowanie oznacza, że można korzystać z domyślnego pliku konfiguracji w jednym z dwóch sposobów:

• Upewnić się czy w katalogu FX ChemStruct jest kopia domyślnego pliku FXCS2_Defalult.ini i pozostawić go aby dostosował FX ChemStruct da nas.
  
  Po jego automatycznym usunięciu, użytkownik może dostosować jego kopię w FX ChemStruct.
  

• Można zadeklarować plik FXCS2_Defalult.ini jako tylko do czytania (lub uczynić go częścią standardowego środowiska) aby FX ChemStruct ZAWSZE resetował się do standardowej konfiguracji przy każdym uruchomieniu,

• Integracja z MS Word - Konfiguracja Worda polega na kopiowaniu pliku FXT1.dot do jego katalogu startowego dostępnego dla użytkownika.
  
  Domyślnie, Word ładuje wszystkie takie szablony znajdujące się w katalogu startowym.
  
  Można korzystać z trzech takich katalogów, ale można mieć tylko jeden plik FXT1.dot w JEDNEJ z tych lokalizacji.

• Aplikacja ta ma własny katalog startowy.
  
  Zwykle jest to katalog:
  
  C:\Program Files\Microsoft Office\Office\Startup,
  
  ale zależy to oczywiście od ustawień.
  

• Profil wszystkich użytkowników All User ma swój własny katalog.
  
  Zwykle jest to katalog:
  
  C:\Documents and Settings\All Users\Application Data\Microsoft\Word\STARTUP.
  

• Każdy użytkownik może mieć swój własny katalog startowy
  
  Zwykle jest to katalog:
  
  C:\Documents and Settings\%username%\Application Data\Microsoft\Word\STARTUP.

4. FX ChemStruct i Word

4.1. Dodawanie FX ChemStruct do Worda

Dodawanie FX ChemStruct do Worda jest wykonywane automatycznie przez program instalacyjny. Upewnić się czy wybraliśmy poprawną wersję Worda na liście. Przy pierwszym uruchomieniu Worda po instalacji FX ChemStruct możemy być zapytani czy chcemy dołączyć do dokumentu makropolecenie sygnowane przez Efofex Software. Gdy chcemy korzystać z niego, musimy wyrazić zgodę.

Po uruchomieniu Worda, zobaczymy nowy pasek narzędzi z dwoma przyciskami FX ChemStruct:

Lewy przycisk wstawia nową strukturę do dokumentu, a prawy przycisk ustawia Manual Lower poziom istniejącej struktury.

4.2. Korzystanie z FX ChemStruct w MS Word

• Kliknąć lewy przycisk w FX ChemStruct pasku narzędzi

• Otworzy się program FX ChemStruct w nowym oknie:

• Wpisać wymaganą strukturę w lewym górnym polu tego okna.
  
  Struktura ta pojawi się w polu centralnym w postaci sformatowanej.
  

• Po skończeniu, kliknąć przycisk z zielonym „ptaszkiem” Update Return
  w pasku narzędzi FX ChemStruct lub wybrać polecenie menu File | Exit & Return ...

Wprowadzona struktura pojawi się w dokumencie w postaci adjustowanej do poprawnego poziomu.

Podkreśla się, że do programu FX ChemStruct można również dotrzeć z Worda za pomocą polecenia menu Wstaw | Obiekt.

5. Korzystanie z FX ChemStruct

5.1. Dostęp do FX ChemStruct

Istnieją dwa główne tryby korzystania z FX ChemStruct - jako samodzielny program Standalone Mode lub jako obiekt w procesorze tekstu Document Object Mode.

• Tryb samodzielny - Gdy zaakceptujemy domyślną instalację, będzie można wybrać program FX ChemStruct w menu Start Windows. Chociaż jest to możliwe, nie fest to najlepszy sposób korzystania z FX ChemStruct, Znacznie lepiej korzystać z tego programu wywołując go z poziomu procesora tekstu.
  

• Tryb obiektu w dokumencie - Program FX ChemStruct jest zaprojektowany do wstawiania jako obiekt w dokumencie. Można wstawiać FX ChemStruct do dokumentu przez kliknięcie jego przycisku w pasku narzędzi lub otworzyć ulubiony procesor tekstu w Windows, np, Word i wybrać polecenie menu Wstaw | Obiekt. Wyświetli się lista dostępnych obiektów i będzie tam pozycja FX ChemStruct. Wybrac ją aby uruchomić program tak jakbyśmy pracowali z FX ChemStruct jako samodzielną aplikacja. Jedyna różnica polega na powrocie do Worda.

Przycisk z zielonym „ptaszkiem” wstawia obraz wprowadzonej struktury do Worda. Natomiast przycisk z czerwonym krzyżykiem wraca do Worda bez wprowadzania zmian.

5.2. Jak wprowadzać struktury ?

Wystarczy wprowadzić wymaganą informację, ale NIE należy wpisywać symboli pierwiastków dużymi literami (tzn. wprowadzać np. sn zamiast Sn). Program FX ChemStruct wykona wszystko za nas. Istnieje kilka trików do nauczenia, jednak wystarczy minuta aby to opanować.

Głównym trikiem przy wprowadzaniu struktur jest to, że trzeba podać do programu FX ChemStruct pewne informacje strukturalne

Przykładowo, gdy chcemy wprowadzić propan, NIE należy wpisywać c3h8, ponieważ program na podstawie tej informacji będzie starał się stworzyć strukturę, ale stwierdzi, że jest ona wieloznaczna.

Dlatego zamiast propanu w postaci wzoru sumarycznego c3h8, wprowadzamy ch3ch2ch3. Dzięki temu FX ChemStruct wie gdzie wstawić każdy wodór.

Istnieje znacznie więcej informacji o tym jak wprowadzać różne struktury i będzie o nich dalej mowa.

5.2.1. Struktury podstawowe

Większość prostych struktur chemicznych wprowadza się tak jak je wpisujemy na papierze. Podkreśla się jednak, że nie należy wpisywać symboli pierwiastków dużymi literami.

Program FX ChemStruct zwykle zwraca na to uwagę.

Alkany
ch3ch2ch2ch3
ch3(ch2)4ch3
Alkeny
ch2ch2
Alkiny
chch
Aldehydy
ch3ch2coh
Kwasy karboksylowe
ch3cooh
Ketony
ch3coch3
Etery
ch3och3
Amidy
ch3conh2
Estry
ch3cooch3

5.2.2. Struktury rozgałęzione

Chemiczne struktury rozgałęzione są nieco trudniejsze do wstawiania, ale nie jest zbyt trudne zapamiętanie podstawowej reguły:

Wprowadź cale rozgałęzienie przed rozpoczęciem następnego rozgałęzienia

Przykładowo, spróbujemy wprowadzić keton metylowo-heptylowy 4-methyl-2-heptene:

Najpierw należy wprowadzić strukturę do zielonych pierwiastków, po czym wybrać jedną z gałęzi do wprowadzania - wybraliśmy to czerwoną gałąź, Po jej ukończeniu wprowadzamy gałąź niebieską.

ch3ch2ch2chch3chchch3

W ten sposób można wprowadzać bardzo skomplikowane struktury, np. kwas cytrynowy Citric Acid.

coohch2cohcoohch2cooh

5.2.3. Pierścienie benzenowe

Pierścienie benzenowe w postaci klasycznej (uproszczonej) wprowadza się za pomocą kodu bz.

Gdy okienku dialogowym otwieranym poleceniem menu Tools | Options / Structures mamy wybraną Style wybraną opcję Line (zamiast domyślnej Circle):

wówczas pierścień benzenowy będzie wyświetlany wg struktury Kekulégo :

Gdy w powyższym okienku dialogowym mamy zaznaczoną opcję
, wówczas po wprowadzeniu ph, również wyświetlany będzie pierścień benzenowy.

bzcooh
phcooch2ch3
bzbz
bzbzbz	lub

5.2.4. Teksty / komentarze nieformatowane

Program FX ChemStruct zawsze próbuje nadać sens chemiczny temu co wprowadzamy. Może to jednak stwarzać pewne problemy. Przykładowo, gdy wpisujemy słowo katalizator catalyst do struktury chemicznej lub do równania, wówczas FX ChemStruct będzie próbował zinterpretować ten tekst jako nazwę pierwiastka i wykona odpowiednie formatowanie, np.

catalyst →

Wapń Ca, tantal Ta oraz litera l nie powinny być przekształcane w pierwiastki. Również itr Y, siarka S oraz litera t także nie, co zapewne zauważyliście.

Można jednak wymusić aby FX ChemStruct pozostawił ten tekst bez zmiany jeśli wprowadzimy go w cudzysłowach, np.

„catalyst” →

5.2.5. Klikanie na związku I

Wzory chemiczne są często niejednoznaczne, więc przy wprowadzaniu struktur, zwykle mogą być one wyświetlane w różny sposób.

Można po jej utworzeniu przekazać do FX ChemStruct jaką wersję struktury ma wyświetlać.

W programie FX ChemStruct można zmienić strukturę klikając na jej pierwiastkach.

Przykładowo, gdy wpiszemy:

ch3chch3ch2chch3ch3

wówczas zobaczymy:

Jednak gdy chcemy wyświetlić:

musimy przekazać do FX ChemStruct jak to ma wykonać.

Aby uzyskać nową wersję tej struktury, musimy kliknąć człon CH wyróżniony wyżej zielonym kolorem.

Po kliknięciu dowolnego pierwiastka tego członu, FX ChemStruct zabarwi ten pierwiastek na zielono aby można było śledzić kliknięty pierwiastek

Kliknięcie pierwiastka zmienia położenie jego wiązania

5.2.6. Klikanie na związku II

Klikanie na pierwiastku zmienia położenie jego wiązania, ale gdy liczba wiązań rośnie, nie zawsze można uzyskać oczekiwanego uporządkowania.

Zwykle chcemy zmienić tylko główne uporządkowanie atomów i program FX ChemStruct zmienia cyklicznie położenie wiązania klikniętego pierwiastka.

Jednak czasem chcemy utworzyć inne rozmieszczenie. Gdy przytrzymamy klawisz Shift przy klikaniu na pierwiastku, wówczas FX ChemStruct będzie cyklicznie zmieniał położenie wszystkich możliwych rozmieszczeń.

Przykładowo:

ch3chclchclch3

Przy klikaniu drugiego członu CH, nastąpi cykliczna zmiana wersji wyświetlania tej cząsteczki.

Gdy przy klikaniu wciśniemy klawisz Shift, uzyskamy poniższe wyniki:

5.2.7. Obrót i odbicie

Wszystkie struktury można obracać i odbijać:

Przyciski te wpływają tylko na ostatnio klikniętą strukturę lub gdy nie była ona jeszcze kliknięta, wpływają na pierwszą strukturę. Pierwsze dwa przyciski obracają strukturę z przyrostem co 15 ° w kierunku zegarowym lub przeciwnym.

Dwa dalsze przyciski odbijają strukturę w pionie lub w poziomie.

5.2.8. Oczyszczanie

Czasem mamy klikniętą, odbitą lub obrócona strukturę i chcemy zacząć od nowa.

W tym celu można kliknąć poniższy przycisk gumki aby oczyścić (usunąć) wszystkie poprzednie modyfikacje.

5.2.9. Izomery

Typowe kliknięcie tworzy rożne izomery, np.:

ch3chchch3

tworzy izomer cis butenu cis-2-butene

Kliknięcie drugiego węgla z podwójnym wiązaniem tworzy izomer trans butenu trans-2-butene

To samo odnosi się do związków benzenowych:

Para, meta i orto dwunitrobenzen

5.2.10. Strzałki

W wielu równaniach pojawiają się strzałki reakcji chemicznych i trzeba pamiętać kody niezbędne do ich wprowadzania.

FX ChemStruct stosuje dokładnie w tym zakresie takie same kody i metody jak program FX Chem.

=>                                 tworzy pojedynczą strzałkę                        

< >                                tworzy podwójną strzałkę              

="NAD">                 dodaje komunikat nad strzałką

="NAD","POD">     przecinek wstawia informację również pod strzałką

Gdy nie wstawimy cudzysłowów, wówczas FX ChemStruct będzie interpretował tekst przy strzałkach jak równania chemiczne, a nie jako strukturą.

5.2.11. Spacje

Spacje można wstawiać związkami w celu zwiększania odstępów ta gdzie trzeba.

Spacja WEWNĄTRZ związku dzieli go na dwa osobne części z punktu widzenia FX ChemStruct. Program ten nie próbuje łączyć drugiej części z pierwszą. Często oznacza to, że to co wpisujemy nie ma żadnego sensu chemicznego

ch3cooh

ch3c ooh

Spacja jest często niezbędna w wielu związkach jonowych

caso4

ca so4

5.2.12. Rodniki R oraz R'

Program FX ChemStruct obsługuje rodniki R oraz R' w strukturach chemicznych, np.:

rcor'

5.2.13. Jon NO₂⁺

Można wprowadzić jon nitroniowy (NO₂⁺) przez wpisanie:

ono

Uwaga: To jest tylko tymczasowe rozwiązanie problemu.

5.2.14. Wprowadzanie informacji o stanie fazowym

Program FX ChemStruct noże akceptować informacje o stanie fazowym tak jak program FX Chem.

Przykładowo:

ch3cooh(aq)

5.2.15. Nadpisywanie ładunków

Program FX ChemStruct automatycznie oblicza ładunek pierwiastka i jonu. Gdy chcemy nadpisać ładunek swoja własną wartością, wystarczy ja wpisać za jonem. Głównym tego zastosowaniem są jony metaliczne mające różne poziomy utlenienia. W ten sposób można zmieniać niepoprawne ładunki struktur.

Przykładowo:

so43+

fe

fe3+

5.2.16. Związki jonowe

Aby tworzyć związki jonowe, zwykle trzeba dodać spację między kationem i anionem.. W ten sposób zapobiegamy przed próbą łączenia przez FX ChemStruct dwóch części i wyraźnie pokazywać ładunek każdego jonu.

Przykładowo:

fe so3

 

feso3

W tym drugim przykładzie, program FX ChemStruct próbował utworzyć jedną cząsteczkę poza kationem i anionem i napotkał na problem. Spacja usuwa ten błąd.

5.2.17. Jony wieloatomowe

FX ChemStruct rozpoznaje większość jonów wieloatomowych, ale trzeba oddzielać takie jony spacjami aby program nie próbował łączyć jonów z inną częścią struktury.

5.2.18. Struktury pierścieniowe

W programie FX ChemStruct istnieje granica obsługi struktur pierścieniowych. FX ChemStruct może obsługiwać automatycznie takie struktury ale z ograniczona funkcjonalnością jeśli nie wskażemy z góry, że chodzi nam o pierścienie przez wybranie odpowiedniej opcji w okienku dialogowym otwieranym poleceniem menu Tools | Options / Structures.

Automatyczne rozpoznawanie

W Gdy w podanym wyżej okienku dialogowym wybrana jest opcja
, wówczas FX ChemStruct będzie sprawdzał czy wprowadzone pierwiastki mogą tworzyć pierścień. Gdy jest to możliwe, program automatycznie połączy te pierwiastki w pierścień. Automatyczne rozpoznawanie jest ograniczone do pierścieni opartych na węglu.

Przykładowo:

ch2ch2ch2

ch2ch2ch2ch2ch2

ch2ch2ch2chchch2

Wskazywanie jawne na struktury pierścieniowe

Jeśli opcja automatycznego rozpoznawania NIE jest wybrana, można z góry wskazać tworzenie struktur pierścieniowych.

Należy wtedy otoczyć pierwiastki struktury pierścieniowej nawiasami klamrowymi, a program FX ChemStruct rozpozna te struktury.

Przykładowo:

{chchch2}

{chchch}coch3

{cchnchnh}ch2chnh2cooh

Jawne wskazywaniw pierścieni pozwala na tworzenie wielu struktur, ale trzeba pamiętać, że nie wszystkie struktury można tak łatwo rysować.

5.2.19. Zapobieganie tworzeniu wiązań

Program FX ChemStruct korzysta ze skomplikowanego algorytmu do sprawdzania gdzie należy dołączać „następne” pierwiastki do już istniejącej struktury. Czasem może to stwarzać problemy., zwłaszcza gdy chcemy pozbyć się niektórych wiązań.

Przykładowo (patrz rozdział 5.4.3)

EDTA (kwas wersenowy)

Wyobraźmy sobie, że chcemy wprowadzić tą strukturę do FX ChemStruct.

Możemy zacząć od azotu N oraz usunąć jedno z ramion tej struktury

nch2coo

Do tej pory wszystko jest w porządku. Teraz zacznijmy od drugiego ramienia przez dopisanie węgla C,

Jednak to okazuje się błędem

nch2cooc

Program FX ChemStruct nie wie, że mamy ukończone pierwsze ramię i dołącza węgiel C do pozostałego ramienia struktury przy tlenie O i dlatego nie jest to poprawne.

Coś trzeba zrobić aby program się tu zatrzymał.

Możemy to wymusić za pomocą znaku *.

nch2coo*c

Znak mnożenia * zapobiega wiązaniu się węgla C z tlenem O, a więc FX ChemStruct wiąże zamiast tego węgiel C z azotem N,

W celu utworzenie EDTA, wprowadzany więc:

nch2ch2nch2coo*ch2coo*ch2coo*ch2coo*        

albo

nch2ch2n(ch2coo*)4

Uwaga:

Istnieją jeszcze inne sposoby wprowadzania - ale wszystkie wymaga aka korzystania ze znaku *.

5.2.20. Znaki stopni

Można wprowadzać znaki stopni (np. 24 °) korzystając z klawisza
zawierającego znak pojedynczego cudzysłowu odwrotnego ` oraz znak tyldy.

Klawisz ten znajduje się w lewym górnym rogu klawiatury, obok klawisz z cyfrą 1.

Znak ` automatycznie zmienia się w znak stopni.

Jest to taka sama konwencja jak w programie FX Chem oraz FX PhysEquate.

5.3. Wyświetlanie opcji

Program FX ChemStruct ma wiele opcji wyświetlania, dzięki którym konstruowane przez nas struktury chemiczne będą wyglądały tak jak tego zechcemy.

Wspomniane wyżej opcje znajdują się w pasku narzędzi wyświetlania na górze okna programu.

5.3.1. Ukrywanie wiązań wodorowych

Pierwsze dwa przyciski paska opcji wyświetlania pozwalają na wybór czy wyświetlać czy ukrywać polaczenia typu ?-H.

Przykładowo, gdy wpiszemy: ch3chch2ch3ch2ch3

uzyskamy;

lub:

5.3.2. Wyświetlanie ładunków

Program FX ChemStruct oblicza ładunek każdej wprowadzonej struktury i może wyświetlać je w jednym z trzech sposobów - ignorowanie ładunków, wyświetlanie ich na każdym atomie, lub wyświetlanie ogólnego ładunku jonu.

Przykładowo, dla so4:

Należy pamiętać, że gdy nadpisujemy ładunek i wprowadzamy własny, wówczas FX ChemStruct będzie wyświetlał „ogólny” ładunek bez względu na inne ustawienia.

5.3.3. Związki bez wiązań

Możemy wyświetlać związki, jony lub struktury bez pokazywania wiązań lub elektronów. Dzięki temu można konstruować pytania testowe dla uczniów.

Istnieją dwa sposoby wyświetlania bez wiązań - zezwolenia na pary elektronowe bez wiązań albo zakaz par elektronowych bez wiązań.

Przykładowo dla: ch3cooh

(brak zezwolenia dla par elektronowych bez wiązań)

(zgoda na pary elektronowe bez wiązań)

5.3.4. Zezwolenie na pary elektronowe

Program FX ChemStruct pozwala na wyświetlanie par elektronowych struktur chemicznych bez wiązań. Można wybierać czy mają być one wyświetlane czy nie.

Przykładowo: dla h2o

(brak zezwolenia dla par elektronowych bez wiązań)

(zgoda na pary elektronowe bez wiązań ale bez ich wyświetlania)

(wyświetlanie par elektronowych bez wiązań)

5.3.5. Pokazywanie wszystkich elektronów

Program FX ChemStruct może wyświetlać wszystkie elektrony w strukturze.

Wystarczy w tym celu kliknąć ostatni przycisk w pasku narzędzi wyświetlania.

Przykładowo: dla ch3cohnh

5.4. Przykłady

5.4.1. Struktury rezonansowe

Struktury rezonansowe wymagają podwójnego wprowadzania (lub wstawiania pojedynczego dla każdego rozmieszczenia), a następnie struktury te można odbijać lub klikać w celu utworzenia efektu ostatecznego.

Przykłady:

Ozon

• Wpisać: o3 <> o3

• Kliknąć centralny atom tlenu drugiej cząsteczki ozonu.

Jon nitroniowy (NO₂⁺)

• Wpisać: no3 <> no3 <> no3
  

• Kliknąć centralny atom tlenu drugiej i trzeciej cząsteczki jonu.

5.4.2. Węglowodory

Większość węglowodorów wymaga klikania centralnego atomu.

Przykłady:

Glukoza: ch2ohchohchohchohchohcoh

Wymaga kliknięcia przedostatniego atomu węgla zaznaczonego na zielono.

Fruktoza: ch2ohchohchohchohcoch2oh

5.4.3. EDTA (kwas wersenowy)

EDTA wymaga skorzystania ze znaku * w celu zapobiegania wiązaniu (patrz rozdział 5.2.19).

nch2ch2nch2coo*ch2coo*ch2coo*ch2coo*

5.5. Edycja struktur

Gdy chcemy później edytować równanie, wystarczy je podwójnie kliknąć w Wordzie, co przeniesie nas do okna programu FX ChemStruct. Można tu teraz wprowadzić wymagane zmiany, po czym kliknąć przycisk
aby wrócić do Worda.

5.6. Co(NO3)2 staje się CO(NO3)2

Jedna z możliwości programu FX ChemStruct jest zmiana wielkości liter na duże. Oszczędza to wiele czasu przy wprowadzaniu równań. Przykładowo, gdy wpiszemy co, program FX ChemStruct powinien interpretować to jako tlenek węgla i zmienić strukturę na CO. Jest to zwykle poprawna interpretacja Gdy chcemy uzyskać kobalt, należy go wprowadzić poprawnie jako Co, a FX ChemStruct pozostawi ten symbol bez zmiany. Inaczej mówiąc, gdy związek zawiera TYLKO małe litery, wówczas program FX ChemStruct powinien je kapitalizować w jak najbardziej poprawny sposób. Gdy program znajdzie duże litery, wówczas pozostawi ten związek bez zmian.

5.7. Zmiana struktur

5.7.1. Menu Tools | Font (Narzędzia | Czcionka)

Gdy tworzymy strukturę, można wybrać polecenie menu Tools | Fonts lub kliknąć przycisk
w pasku narzędzi.

W otworzonym okienku dialogowym można zmienić krój. styl rozmiar oraz kolor czcionki stosowany do tworzenia struktur.

Rozmiar czcionki determinuje wielkość czcionek pierwiastków.

Wszystkie inne rozmiary dostosowywane są proporcjonalnie do nich.

5.7.2. Menu Tools | Options / Equations
(Narzędzia | Opcje | Równania)

Przy tworzeniu równania, można wybrać polecenie menu Tools | Options / Equations lub kliknąć przycisk
w pasku narzędzi.

Korzystając z tego okienka dialogowego można zmieniać poziomy i względne rozmiary rożnych składników równań. W ten sposób można sterować tym co tworzymy. Warto samemu przesuwać suwaki i obserwować zmiany przykładowego równania na górze tego okienka dialogowego.

Sekcja
pozwala wybór różnych sposobów rysowania równowagowych strzałek. Można wybrać tą wersję, która najlepiej odpowiada lokalnym konwencjom. Przykładowe równanie na górze tego okienka dialogowego pokazuje zmiany typów strzałek.

Strzałki reakcji są automatycznie skalowane w dostosowaniu do tekstu nad i pod strzałką. Gdy nie ma żadnego tekstu, strzałka przybiera minimalny rozmiar. Można ustawić ten minimalny rozmiar przesuwając suwak
.

Pole
determinuje czy FX ChemStruct wpisuje informacje fazowe kursywą.

Przycisk
resetuje wszystkie opcje do orygi9nalnych ustawień fabrycznych.

Przycisk
zapisuje wprowadzone zmiany do aktualnych ustawień, z których można potem korzystać w nowych strukturach

5.7.3. Menu Tools | Options / Structures
(Narzędzia | Opcje | Struktury)

Przy tworzeniu równania, można wybrać polecenie menu Tools | Options / Structures lub kliknąć przycisk
w pasku narzędzi.

Korzystając z tego okienka dialogowego można sterować sposobem rysowania struktur przez program FX ChemStruct.

Sekcja
pozwala na sterowanie rozmiarem różnych składników struktur.

• Structural Bonds / Other Bonds - Większość wiązań oprócz ?-H.
  Skrócenie wiązań wodorowych w dostosowaniu do innych pierwiastków zwykle tworzy lepszy wygląd wyniku. W tym przypadku większość wiązań ma długość 5,7 mm, ale wiązania między wodorem i innymi pierwiastkami maja długość tylko 2 mm. Podkreśla się, że ta różnica długości nie ma żadnych podstaw chemicznych. Służy ona tylko celom wyświetlania.

• Benzene - Determinuje długość boków pierścienia benzenowego,
  

• Spacing - Steruje dodatkowym odstępem dodawanym automatycznie między strukturami oraz innymi składnikami równania (w tym przypadku znakiem +). Można zawsze samemu dodać ekstra odstęp za pomocą klawisza spacji.
  

• Dot Size - Determinuje rozmiar elektronów.

Pole
ustawia grubość linii stosowanej do rysowania ramek. Rozmiar ten jest mierzony w punktach (1 punkt = 1/72 cala = 0,352777755 mm).

Domyślnie, FX ChemStruct pozwala na stosowanie wpisu ph dla fenolu (lub benzenu), ale to utrudnia tworzenie związków zawierających fosfor i wodór.
Można to zmienić odznaczając opcję
.

Zaznaczenie opcji
wymusza aby FX ChemStruct automatycznie rozpoznawał struktury pierścieniowe lub. Alternatywnie, można z góry wskazać strukturę pierścieniową za pomocą nawiasów klamrowych.

Zaznaczając pola
lub
można wyświetlać strzałki i lub ładunki wiązań koordynacyjnych.

Sekcja
pozwala na wybór czy pierścienie benzenowe mają być wyświetlane w postaci uproszczonej (z kółkiem aromatycznym) czy postaci liniowej w postaci linii z podwójnymi wiązaniami.

Przycisk
zapisuje wprowadzone zmiany do aktualnych ustawień, z których można potem korzystać w nowych strukturach

5.8. Moje struktury nie są poprawnie formatowane

Program FX ChemStruct próbuje jak najlepiej interpretować w logiczny sposób to, co użytkownik wprowadzi. W 99 % przypadków działa to poprawnie. W pozostałych (1%) przypadkach możemy uzyskać inne znaczenia. Chemia jest nauką wyjątków i nasze struktury mogą zawierać niektóre z nich, jakich FX ChemStruct jeszcze nie zna. Gdy poinformujecie nas o takich przypadkach postaramy się uwzględnić to w przyszłych wersjach.

- 1 -

- 30 -

---