Zdaniem Krajowego Konsultanta ds. Epidemiologii system nadzoru nad zakażeniami szpitalnymi powinien być oparty na wprowadzonym ustawowo systemie zgłaszania chorób zakaźnych I zakażeń, co do których istnieje obowiązek zgłaszania.
W definicji chorób zakaźnych i zakażeń winny się znaleźć kryteria zakwalifikowania jako nabyte w szpitalu, a do karty zgłoszenia należy dołączyć pozycję określającą dany stan jako zakażenie szpitalne lub nie.