Badanie polega na umieszczeniu pacjenta w komorze aparatu o stałym polu magnetycznym
Linie pola magnetycznego jąder atomów w organizmie człowieka ustala się równolegle do kierunku wytworzonego pola magnetycznego
Aparat emituje fale radiowe, powodujące postanie takich fali w organizmie (rezonans) zwrotnie odbierane przez aparat Rezonatorem zazwyczaj jest jon H+
Różna liczba tych jonów w różnych tkankach skutkuje powstaniem różnej intensywności fali radiowych
Komputerowe przekształcenia otrzymanych fal obrazują stan poszczególnych tkanek