W barwieniu rutynowym (w codziennej diagnostyce) stosuje się barwienie HE (H+E). Jest to barwienie barwnikiem zasadowym • hcmatoksyliną, która wybarwia jądra 1— komórkowe na kolor granatowy,
Drugim stosowanym barwnikiem jest eozyna • barwnik kwaśny1, który wybarwia cytoplazmę na kolor rolowy.