10714569�6376429738350h52219346884541548 o

Identyfikacja genów - zaliczenie.

Imię i nazwisko:.................Data:.......

UWAGA: Każda osoba w grupie musi opracować ihha sekwehcię

1.    w BAZIE NCBI WYSZUKAJ SEKWENCJE NUKLEOTYDOWĄ (MIN. DŁUGOŚĆ 600NT) DLA WYBRANEGO GATUNKU

Eucaryota. Podaj następujące informacje:

Gatunek: numer akcesyjny:

Co TA SEKWENCJA KODUJE?

2.    Przy pomocy programu NEBcutter2:

2.1.    Sporządź mapę restrykcyjną sekwencji z P1.

2.2.    Podaj nazwy 5 enzymów, które tną w 1 miejscu, 2 miejscach i 3 miejscach.

2.3.    Za pomocą „custom digest” wybierz 2 enzymy, które potną analizowaną sekwencję i pokaż ich obraz na 2% żelu agarozowym w porównaniu markerem -fagiem lambda trawionym Hindlll.

3.    W BAZIE ESTS WYSZUKAJ SEKWENCJE DLA TEGO SAMEGO GATUNKU CO W P1:

3.1. Podaj liczbę rekordów oraz liczbę rekordów dla mRNA

4.    Dla rekordu wybranego w P1 podaj:

4.1. Locus:......Długość cząsteczki:.....Typ cząsteczki:

•Definition:......................

•Accession:.....Version:.....Gl:.....

•Source:......................

•References:.............................

•Features: Source Gene CDC

4.2.    Podaj format FASTA dla tej sekwencji (pierwszą linijkę oraz pierwszych dwadzieścia nukleotydów)

4.3.    Pokaż ogólny widok graficzny nici sensownej.

4.5. Podaj numer dostępu i fragment sekwencji białkowej dla wybranej sekwencji nukleotydowej

5.    Dla gatunku, dla którego wybrałeś sekwencję, w P1 Podaj

5.1. Czy jest/był prowadzony projekt sekwencjonowania (Genome sequencing) lub mapowania genomu (Map)? Ile jest tego typu projektów? Do odpowiedzi na to pytanie wykorzystaj możliwość filtrowania wyników w kolumnie Project Data Type. Na podstawie danych zawartych na stronach wybranego projektu podaj: •Systematykę •Cechy charakterystyczne •Liczbę chromosomów •Ośrodki, w których projekt jest prowadzony.

6.    Przy pomocy odpowiedniego programu BLAST znajdź sekwencje podobne do wybraneją w P1.

7.    Przy użyciu programu Primer3Plus zaprojektuj startery dla wybranej sekwencji - niech długość produktu wynosi 400-800nt. Pamiętaj by startery były specyficzne dla danej sekwencji. Przedstaw

OTRZYMANE PROPOZYCJE STARTERÓW WRAZ Z CHARAKTERYZUJĄCYMI JE PARAMETRAMI.