• Wzajemnej lokalizacji systemu restrykcji i metylacji DNA W klasie i i III te miejsca są w obrębie jednego kompleksu enzymatycznego złożonego z dwóch lub trzech podjednostek.
W klasie ii są rozdzielone.
• Lokalizacji miejsca trawienia względem miejsca rozpoznania DNA
• Enzymy różnią się wymaganiami co do kofaktorów