Hormony tarczycy biorą udział w prawie wszystkich procesach przemiany materii, mają wpływ na syntezę, degradację i działanie enzymów oraz hormonów, i są absolutnie niezbędne do życia. Wszystkie tkanki i organy z powodu niedoboru lub nadmiaru hormonów tarczycy wykazują zmiany w swoim funkcjonowaniu.
Strukturalne lub funkcjonalne zaburzenia w układzie podwzgórze - przysadka — tarczyca mogą prowadzić do ograniczonej syntez}' hormonów tarczycowych, w oparciu o lokalizację tych zaburzeń powstał podział na pierwotną i wtórną niedoczynność tarczycy.
Mimo niewystarczającej ilości literatury dotyczącej funkcjonowania tarczycy u koni, istnieje kilka, zwykle niejasnych, opisów przypadków niedoczynności tarczycy u koni. Najczęściej są to przypadki źrebiąt, u który ch obok wrodzonych defektów najbardziej prawdopodobna jest jatrogenna przyczyna ograniczająca funkcjonowanie tarczycy. Większość przypadków niedoczynności tarczycy obserwowano u źrebiąt, których matki wykazywały nadmiar jodu (efekt Wolff a-Chaikoflfa). Nadmiar ten często prowadził do poronienia, zaś normalnie urodzone źrebięta były tak słabe przyżyciowo, że trzeba je było uśpić. Typowymi objawami było występowanie wola tarczycowego oraz zaburzony rozw'ój mięśnio-wo-szkieletowy. Podobne objawy obserwowano u koni w zachodniej Kanadzie, gdzie najprawdopodobniej ujawnił się wpływ żywienia charakterystycznego dla tego regionu.
Pojawia się wiele doniesień o dorosłych zwierzętach, u których podejrzewa się niedoczynność tarczycy. Obok charakterystycznych objawów klinicznych (tj. brak reakcji na bodźce, zla tolerancja na wysiłek fizyczny, nieprawidłowa okrywa włosowa, dermatozy, problemy w rozrodzie), opisywane niższe stężenia T4 i/lub T3 jako dowód zaburzeń czynności tarczycy. Ogólnie podstawowe wartości tych hormonów nie wnoszą wiele do oceny czynności tarczycy, ponieważ inne choroby i wiele leków przy prawidłowo funkcjonującej tarczycy również prowadzą do spadku stężenia tych hormonów w osoczu. Pozostałe opisy wane objawy kliniczne są tak niespecyficzne, że trudno je przypisywać tarczycy. Obecnie, wg wiedzy autorów niniejszego rozdziału, nie ma żadnych doniesień, które potwierdzałyby pierwotną niedoczynność tarczycy na podstawie objawów klinicznych i endokrynologicznych testów czynnościowych. Pełna niedoczynność tarczycy powstawała tylko wskutek usunięcia tarczycy lub wskutek leczenia z zastosowaniem propylotiouracylu. Interesujące jest przy tym, że oczekiwane „typowe" objawy kliniczne, jak nadwaga, nienormalny rozkład tkanki tłuszczowej i ochwat zwykle nie były obserwowane w wywołanej eksperymentalnie niedoczynności tarczycy.
Nadczynność tarczycy jest rzadką chorobą, występującą zwykle u starszych koni. Jej przyczyną jest gruczolak lub gruczolakorak, przy czym gruczolak tarczycy występuje dość często, częściej jednak nie jest aktywny.