Doskonalenie cech użytkowych szczepów przemysłowych poprzez wprowadzenie trwałych zmian genetycznych, uzyskuje się na drodze modyfikacji genotypu.
Efektem modyfikacji genotypu są zasadnicze zmiany metabolicaio-fizjologiczne.
Modyfikacji genotypu dokonuje się poprzez mutagenezę (i selekcja mutantów o cechach korzystnych dla danego procesu) oraz rekombinacje genetyczne (fuzja protoplastów i rekombinacje DNA in vitro). Prowadzi to do zmiany metabolizmu, a szczególnie uamszeuia określonych mechanizmów regulacyjnych.