Właściwości metody BLUP
1. minimalizacja wariancji błędu przewidywania (predykcji);
2. przewidywanie wartości genetycznych (wartości hodowlanych) buhajów jest nieobciążone błędem, podobnie jak szacowanie wpływu stałych efektów (roku, sezonu, stada);
3. korelacje między przewidywaną a prawdziwą wartością genetyczną (rG|) osiąga maksimum;
4. maksymalne prawdopodobieństwo uszeregowania buhajów zgodne z ich rzeczywistą wartością hodowlaną.
- uwzględnią trend genetyczny; eliminuje wpływ nielosowości kojarzeń (uwzgl. w modelu wpływ ojca matki); uwzględnia genetyczne różnice między stadami lub regionami; znaczna eliminacja 82E : wpływ stada, roku, sezonu;
uwzględnia spokrewnienie między zwierzętami.