Oprócz sekwencji sygnałowej zlokalizowanej w części N- końcowej, w cząsteczce białka mogąwystępować inne sekwencje sygnałowe, które wykorzystane sąw procesie kształtowania struktury białek transmembranowych.
Funkcją tych sekwencji jest zatrzymanie procesu przechodzenia nowopowstającego peptydu w całości do wnętrza siateczki śródplazmatycznej lub wbudowywanie fragmentów białka do błony ER jeśli translokowane białko ma stać się białkiem transmembranowym wielokrotnie perforującym błonę (białko politopowe).