Typowymi dla kolagenu aminokwasami są glicyna, lizyna i hydroksylizyna Makrocząsteczka kolagenu składa sie z trzech spiralnie zwiniętych wobec siebie łańcuchów polipeptvdowvch a. które tworzą cząsteczkę tropokolaaenu. Kolagen jest rozkładany przez kolagenazę - enzym występujący soku trzustkowym, fibroblastach. histiocytach, osteoblastach a także w niektórych bakteriach.