do jakichkolwiek reform (na sejmie odrzucono Zbiór praw przygotowany pod kierunkiem J. Zamoyskiego)] a w tym przypadku zwłaszcza ze strony zwierzchności kościelnej, postrzegającej zagrożenie pozycji duchowieństwa we wpływach na Akademię i szerzej na nauczanie w całym kraju.
W tym stanie rzeczy Kołłątaj musiał opuścić Kraków. Zdołał wszakże j wyjaśnić bezzasadność oskarżeń i ataków, a po zbadaniu zatargów przez delegowanego od Komisji Ignacego Potockiego i orzeczeniu na korzyść dotychczasowego wizytatora, w dniu 15 maja 1782 r. zapadła decyzja o powierzeniu Kołłątajowi dokończenia reformy i przydaniu mu do współpracy Rady składającej się z ośmiu profesorów (której sekretarzem został Jan Śniadecki), a w lipcu wybrano go na rektora Szkoły Głównej Koronnej. Miał wówczas 32 lata. Od 21 stycznia 1783 r., kiedy oficjalnie objął urząd rektora — sprawowany do czerwca 1786 r. — działalność jego mająca oparcie w sporym kręgu młodej profesury nie ograniczała się tylko do kierowania Szkołą w ostatecznym kształcie składającą się z dwóch kolegiów Fizycznego i Moralnego (o czym pisał w obszernych raportach władzom zwierzchnim), lecz także miała duży wpływ na życie umysłowe i kulturalne środowiska krakowskiego.
Ujawnił też Kołłątaj cechy pozwalające zweryfikować niejako intencje i bezinteresowność jego działań, zwłaszcza w dotychczasowej fazie żywota publicznego, oddanego sprawom nauczania i szerzej pojętej edukacji obywatelskiej. Dało się to poznać na gruncie prywatnym, bardzo osobistym, bo dotyczącym wychowania bratanków: Eustachego i Antoniego. W listach do ich guwernera, Franciszka Szopowicza, z jesieni 1783 r. dawał nie tylko wykładnię ideałów pedagogicznych wychowania domowego, lecz przekazywał także szczegółowe instrukcje na temat ćwiczeń fizycznych i higieny (urządzenia sypialni, posiłków, jakości pokarmów, rodzajów wypoczynku i in.) z nieodzownym wskazaniem celów społecznych i narodowych: „Młodemu Polakowi — pisał — należy takową brać edukacją i w wszelkim losie znaleźć się w sposobności nie dependowania od przemowy, ale w własnych przymiotach i siłach szukać swego bezpieczeństwa i ocalenia honoru [...]. Gdyby początkowa edukacja wpoiła była szlachetniejsze myśli w żądania wielu [...], mniej byśmy mieli podłości i zdrady A zamykał list prywatny formułą stosowaną raczej do szczególnie uroczystych wystąpień publicznych: „Żyjemy w tym wieku, w którym cnota coraz rzadszym jest między ludźmi dziełem; nie można jej inaczej powrócić, tylko nieustanną młodzieży wprawą i nałogami Pisząc te słowa nie mógł przewidzieć, że bardzo mu bliski Antoni Kołłątaj, tak właśnie wychowany, zginie jako żołnierz broniąc Warszawy w czasie insurekcji 1794 roku.
W czasie rektorowania w Szkole Głównej Krakowskiej, jakby nie dość było Kołłątajowi skupić się na sprawach edukacji akademickiej i nauki, podjął tematykę leżącą niejako na przedłużeniu dotychczasowej profesji. W 1784 r. przygotował na sejm tej jesieni projekt wznowienia popisów wojskowych — O poprawie Szkoły Kadetów i wskrzeszeniu milicji wojewódzkich — za-