W komórkach ssaków system UPR funkcjonuje poprzez:
/Przejściowe zahamowanie globalnej syntezy białek,
/Indukcję transkrypcji genów kodujących czaperony siateczki śródplazmatycznej i inne białka minimalizujące skutki wystąpienia stresu ER,
/Aktywację systemu degradacji białek (ER-associated degradation, ERAD), polegającego na retrotranslokacji źle sfałdowanych białek ze światła siateczki śródplazmatycznej na ścieżkę degradacji proteasomalnęj.
Jeśli coś się nie powiedzie w uruchomieniu i przebiegu systemu UPR i nieprawidłowo sfałdowane białka będą się akumulować w ER, system uruchamia ścieżki sygnalizacyjne prowadzące do destrukcji komórki.