głównego architekta zakonu, Giovanniego de Rosis. Prace na miejscu prowadzili kolejno budowniczowie jezuiccy Józef Britius (Brizio) i Giovanni Maria Bernardoni, którzy do roku 1605 wznieśli niemal cały kościół, z wyjątkiem kopuły i fasady. Te części budowli są dziełem architekta królewskiego Giovanniego Trevana, który objął kierownictwo robót w roku 1609. Od samego początku budowie towarzyszyły poważne trudności, wynikłe z błędów konstrukcyjnych. Próbował je usunąć Bernardoni, poszerzając fundamenty i opinając mury skarpami, niemniej jednak Trevano został zmuszony do rozebrania pierwszej wykonanej przez siebie kopuły i wzmocnienia dźwigających ją filarów. Obecna kopuła pochodzi z roku 1619, a kamieniarkę fasady wykonano w latach 1622-1639. Jednocześnie prowadzono prace nad dekoracją wnętrza, które ozdobił stiukami Giovanni Battista Falconi. Konsekracja świątyni nastąpiła w roku 1635, istotne uzupełnienia wprowadzono jednak jeszcze w pierwszej połowie XVIII wieku, kiedy to Kasper Bażanka wzniósł ogrodzenie przed fasadą i prawdopodobnie zaprojektował ołtarz główny. Po kasacie zakonu jezuitów kościół podlegał Komisji Edukacji Narodowej, a w roku 1830 została tu przeniesiona parafia Wszystkich Świętych, po zburzeniu średniowiecznej kolegiaty pod tym wezwaniem.
Krakowski kościół Jezuitów stanowi jeden z najwierniejszych i najbardziej udanych pod względem artystycznym przykładów przeszczepienia na obcy grunt wzoru rzymskiej świątyni zakonu. Odegrał też istotną rolę w rozwoju nowożytnej architektury sakralnej w Polsce. Jego plan w kształcie krzyża łacińskiego, z kopułą na skrzyżowaniu nawy i transeptu oraz charakterystycznym ukształtowaniem korpusu, złożonego z obszernej nawy i kaplic bocznych, stanowi efekt długotrwałych doświadczeń architektury włoskiej, dążącej do pogodzenia założeń teorii renesansowej z praktycznymi potrzebami liturgii. W opisanym wyżej schemacie nakryta kopułą część centralna odpowiada humanistycznej wizji świątyni idealnej, obszerna nawa pozwala na zgromadzenie znacznej liczby wiernych, zaś wyizolowane kaplice boczne są przeznaczone do prywatnego kultu. Fasada o dwóch kondygnacjach nierównej szerokości, połączonych miękką linią spływów, stanowi najbardziej organiczne i optymalne pod względem estetycznym rozwiązanie zamknięcia budowli o bazylikowym
300