Koncepcja zegara molekularnego (Zuckerłandl i Paukng 1965) postuluje równe tempo substytucji we wszystkich liniach ewolucyjnych Dzięki danym fosyinym możliwe jest kalibrowanie zegara i określanie bezwzględnego czasu dywergencji
człowiek 13 min lat orangutan
Jeżeli wszystkie linie ewolucyjne wykazują taką samą prędkość^ ewolucyjnych od czasu dywergencji od ich wspólnego i znajduje się w punkcie równo odległym od wszystkiej terminalnych (liści)