4
Pirosekwencjonowanie
GGGCa
FISH (ang. fluorescent in situ hibridisation)
- Dawca przeciwnej płci - FISH dla chromosomów X i Y
Dość dokładne i ilościowe wyniki, standaryzacja procedury - porównywalność wyników
X - kolor czerwony Y - kolor zielony
• Zastosowanie pirosekwencionowania:
Badanie polimorfizmów pojedynczego nukleotydu (SNP) Analiza metylacji Analiza patogenów Charakteryzacja bibliotek DNA
• Zalety:
Najszybsza technika sekwencjonowania (96-dolkowa płytka w 10-20 minut)
• Wady:
Trudna analiza niektórych typów insercji lub delecji
Trudność w określeniu liczby nukleotydów w regionach homopolimerycznych jeśli ich liczba powtórzeń danego nukleotydu przekracza 5-6
PCR - VNTR (ang. variable number of tandem repeats) Rodzaje VNTRs:
• Sekwencje minisatelitarne (6-50 nukleotydów)
• Sekwencje mikrosatelitarne (krótkie tandemowe powtórzenia, STR; średnio 5 nukleotydów)
Powtórzenia tandemowe - wysoce polimorficzne w populacji ludzkiej (polimorficzna długość)