21417 infa2

Instrukcja do zadania II z Bioinformatyki (rok akademicki 2012/2013).

Celem zadania jest znalezienie i scharakteryzowanie białka, wraz /. opisem rodziny do której ono należy, na podstawie otrzymanej sekwencji.

1.    Wykorzystując odpowiednie narzędzia i bazy danych sprawdź czy Twoja sekwencja to kompletne białko, czy tez. tylko jego fragment. Jeżeli jest to sekwencja kompletnego białka to podaj jego nazwę, jeżeli tylko jednej domeny, to również podaj jej nazwę lub nazwę rodziny ,

2.    Zidentyfikuj wszystkie funkcjonalne domeny jakie można wyróżnić w Twojej sekwencji i je krótko opisz, (w kontekście Twojej sekwencji). Jeżeli zidentyfikowano kilka domen to szczegółowo opisz największą z nich wraz z charakterystyką rodziny do jakiej należy.

3.    Wykonaj (i zamieść w raporcie) nałożenie 10 sekwencji (w tym Twojej) pochodzących z. różnych organizmów i zaznacz na tym nałożeniu (i krótko opisz) kilka istotnych <z punktu widzenia funkcjonowania opisywanej domeny) aminokwasów. Podaj odpowiednie odnośniki literaturowe.

4.    Ile różnych białek zaw ierających sekwencję podobną do twojej (dla ł^:.-value 0.0001) znany ch jest w komórkach ludzkich. Przedstaw wynik w formie tabeli zawierającej nazwę białka, i den ty łikator, długość sekwencji. % identyczności oraz h'.-va'lue

5.    Znajdź strukturę Twojego białkadomeny i przedstaw w raporcie w stosownej reprezentacji (wraz z podpisem) zaznaczając na niej wszystkie istotne elementy (te same. o których była mowa w punkcie 3). Jeżeli nie znajdziesz struktury swojej sekwencji, u> zastąp ją strukturą reprezentatywną dla rodziny lub samodzielnie przygotowanym modelem

Raport należy przygotować w procesorze tekstu i dostarczyć w formie elektronicznej.

Pow inien on z.ac/.y nać się od podania imienia i nazwiska oraz tytułu raportu a następnie powinien zawierać numer wybranego zadania i zadaną sekwencję. W dalszej kolejności powinny znaleźć się wszystkie wymagane elementy opisane w punktach jw.