* potencjalnie wiele zmiennych » każda para starterów musi być optymalizowana
Zwykle optymalizacji wymagają:
- stężenia
• Mg2* parametry
° starterów krytyczne
* matrycy
- temperatura anneaiingu
- czas wydłużania
9 jony magnezowe - kofaktor polimerazy DNA -► wpływ na aktywność enzymatyczną
3 stężenie zbyt niskie —> słaby produkt lub brak produktu
8 steżenie zbyt wysokie —> niespecyficzne produkty