73 (120)

4.4. Oznaczanie sekwencji aminokwasów wg. Sangera

Wolne oraz związane w peptydach i białkach aminokwasy zawierające wolną grupę -NH₂ reagują z 2,4-dinitrofluorobenzenem

+ H₉N-CH-C00H

^Ł i

R

-HF

°2^N\ VnH-CH-C001!

'NO r

R

2,4 dinitrofenyloaminokwas

W produkcie reakcji wiązanie między pierścieniem benzenowym a grupą aminową jest odporne na działanie czynników hydroli/u|M cych wiązanie peptydowe.

4.5. Tworzenie wewnętrznych diamidów

Ogrzewając aminokwas traci on H2O i tworzy cykliczny diamid (diketopiperazyna):

CH₂-C;

-2 H₂0

',0

HN'    "ÓH^)

r«    r

\OH    J_T„

NH

c-ch₂^

O

II

ch₂—c / \

HN    NH

^xc—ch/

II

O

o

4.6. Otrzymywanie peptydów

Cząsteczka peptydu jest połączeniem co najmniej dw«'"¹ cząsteczek aminokwasów, przy czym powiązanie to ma chamM¹ amidowy. Np. naturalny tripeptyd - glutation ma w postaci /m"¹ kowanej następujący wzór:

o

hooc-ch-ch₂-ch₂- [c-nh] -ch- [c-nh] -ch₂-cooh nh₂    ch₂

SH

y- glutamylocysteinyloglicyna (klamrą zaznaczono wiązanie peptydowe)

Wiązanie peptydowe ma ściśle określoną konfigurację i praktycznie nie zależy od właściwości i rodzaju bocznych łańcuchów aminokwasów. Uwarunkowane jest natomiast delokalizacją elektronów w wiązaniu peptydowym, które sprawia, że wszystkie cztery atomy jak również oba atomy C (sąsiadujące z wiązaniem) leżą w jednej płaszczyźnie:

■ ■ c-	C a — M ■	:'óf - \	/^c M®
/^c	IM" ^- \		— N \
C a	H	c	H

a

Wiązanie C-N częściowo wykazuje charakter wiązania podwójne-ijo, co uniemożliwia obrót wokół niego. Istnieje więc możliwość powstawania 2 izomerów cis i trans. Izomer trans jako uboższy energetycznie jest trwalszy; występuje w peptydach i białkach.

B. OTRZYMYWANIE AMINOKWASÓW 1,1. Z białek

Podstawowym etapem w określeniu sekwencji aminokwasów h białku jest poddanie go całkowitej hydrolizie. W klasycznej me-

151