W okresie objętym Programem prowadzone będą badania stanu rzek w zakresie monitoringu diagnostycznego, operacyjnego i badawczego. W ramach monitoringu operacyjnego prowadzone będą badania jakości wód użytkowych, wymagane dyrektywami szczegółowymi określającymi wymagania do bytowania ryb w warunkach naturalnych oraz wykorzystywanych do zaopatrzenia ludności w wodę do spożycia.