3582323888

enzy 2011-11-23 Strukturlne składniki enzymowi

W pH obojętnym cząstek czki aminokwasów mają postać H3N+-CH(R) COO- jon obojniczay węgieł centralny - asymetryczny Istnieją izomery L i D. Naturalnie L

W białkach lub peptydach większość naładowanych grup aminowych i karboksylowych

aminokwasów jest zneutralizowana w wyniku utworzenia wiązania peptydowego

To co odróżnia jeden aminokwas od drugiego to charakter łańcucha bocznego aminokwasu

łańcuchy

alifatyczne    gly ala val leu ile

hydrofiline ser thr zawierające sierkę aromatyczne his phe iyr tryp inne pro - zaburza alfahełisę,

decydują o chemicznej reaktywności aminokwasów w białkach Alifatyczne:

—    hydrofobowy charakter

—    rozpuszczanie w wodzie kosztowne termodynamiczne

—    zwijanie białka w strukturę III rzędową

—    zamknięte wewnątrz cząsteczki

—    stabilizują wiązania niepolamych substratów w miejscach wiążących enzymów

hydrofobowść mierzy się oznaczając ich zdolność do podziału między polarnym i niepolamym rozpuszczalnikiem. Rozpuszcza się analogi aa o zneutralizowanych ładunkach w mieszaninie 50:50 wody i oktanołu. Po zmieszaniu i rozdzieleniu na fazy mierzy się stężenie pochodzych aa w każdej z faz

met i cys hydrofobowe

Łańcuch boczne aa zawierają w sobie atomy które są połączone z protonami mogącymi służyć jako donory dla tworzenia wiązań wodorowych. Innne aa są akceptorami dzięki samotnej parze elektronowej na atomach łańcuchów bocznych Te odziaływania stabilizują strukturę białka.

wodorowe tworzą: donorami są: Tyr ser thr trp his cys; w niskim pH Glu asp akceptorami tyr glu asp ser htr his cys met kilka aa może być donorami i akceptorami

odziaływania elektrostatyczne między zasadowymi i kwaśnymi

Mogą się tworzyć wewątrz cząstek białka między naładowanymi a łańcuchów bocznych i innymi naładowanymi grupami na ligandach łub innych makrocząsteczkach tworzą się między białkami które wiążą się z kwasami nukleinowymi (histony) bogate wliz i arg

Gdy elektrony są transportowane z cytochromu c na oksydazę cytochromową zachodzi redukcja tlenu cząstekczowego dowody. Żeby elektrony mogły przeskoczyć z jednego na drugie białko te białka muszą tworzyć ciasny kompleks o Kd=~ 10-9 M (nanao, trzeba wiedzieć) Po rozwiązaniu struktury krystalicznej cytochromu c okazało się że na jego powieszchni znajduje się pole bardzo bogate w reszty lizyny. Na cząsteczcze oksydazy cytochromowej znajduje się obszar...

Kompleks dysocjuje po dodaniu stężonych soli do roztworu białek

Jest 7 aa których łańcch boczne zachowują się jak kwasy B-Lowregeo i skoniugowane zasady tyr his cys liz arg glu asp dzięki temu enzymu są wybosażone w mechanizm pozwaljacy na transport rotonów między substratami i produktowami reakcji. Oprócz tego łańcuchy boczne wymienionych