Komendzie Głównej Policji koncepcji rachunkowości budżetowej, rachunku kosztow oraz narzędzi pomiaru dokonań.
Zainteresowania teoretyczne i praktyczne M. Kaczmarka obejmują: rachunkowość,
sprawozdawczość finansową, politykę bilansową, oszustwa księgowe, rachunkowość budżetową, budżet zadaniowy, kontrolę zarządczą, pomiar dokonań, sprawność i skuteczność realizacji zadań publicznych.
Prace naukowe dotyczą metodologii oraz wdrożenia budżetowania zadaniowego w jednostkach podsektora rządowego oraz samorządowego. Dr M. Kaczmarek jest doradcą i konsultantem jednostek sektora finansów publicznych. W latach 2008-2012 zajmował się szkoleniami oraz ulepszaniem budżetu zadaniowego w zakresie rachunkowości oraz struktury zadań, celów i mierników w między innymi: Najwyższej Izbie Kontroli, Ministerstwie Spraw Wewnętrznych, Ministerstwie Obrony Narodowej, Ministerstwie Sportu i Turystyki, Ministerstwie Infrastruktury, Ministerstwie Spraw Zagranicznych, Ministerstwie Finansów, Ministerstwie Pracy i Polityki Społecznej, Samorządowych Kolegiach Odwoławczych, Agencji Restrukturyzacji i Modernizacji Rolnictwa, Kasa Rolniczego Ubezpieczenia Społecznego i innych.
Szczególny obszar pracy dr M. Kaczmarka jest związany z stworzeniem koncepcji i wytycznych dotyczących organizacji rachunkowości, alokacji, ewidencji księgowej, sprawozdawczości w zakresie wydatków budżetowych oraz kosztów w budżecie zadaniowym. Na zlecenie Ministerstwa Finansów opracował ekspertyzę dotyczącą propozycji i założeń do wprowadzenia pełnej rachunkowości oraz ewidencji wydatków w układzie zadaniowym przez dysponentów. Na zlecenie Ministerstwa Spraw Zagranicznych przygotował ekspertyzę pt. „Opracowanie modelu usprawniającego funkcjonowanie obsługi finansowo-księgowej placówek podległych Ministrowi Spraw Zagranicznych." Na zlecenie Ministerstwa Rozwoju Regionalnego współuczestniczył w opracowaniu ekspertyzy pod tytułem: „Dochody i wydatki sektora finansów publicznych w' przekroju regionalnym w latach 2004-2011 ze szczególnym uwzględnieniem wydatków strukturalnych”.
M. Kaczmarek organizuje lub uczestniczy jako trener w szkoleniach z zakresu: rachunkowości, metodologii budżetowania zadaniowego, rachunkowości i sprawozdawczości wydatków w ujęciu zadaniowym, nowoczesnych narzędzi alokacji wydatków budżetu zadaniowego, efektywności i skuteczności zadań publicznych, kontroli zarządczej, zarządzania ryzykiem.