Większość systemów operacyjnych posiada własny (macierzysty) system plików, rozwijany równolegle z nim (np. FAT w DOS-ie, NTFS w Microsoft Windows NT lub ext/ext2/ext3/ext4 i ReiserFS/Reiser4 w Linuksie), ze względu na pewne specyficzne właściwości nadawane plikom (np. atrybut wykonywalności pliku), podobnie jak niektóre nośniki danych (np. ISO 9660 na CD-ROM i UDF na DVD), jednak sam system plików jest niezależny od nich. Same systemy operacyjne (w szczególności Unix i jego pochodne) potrafią obsługiwać wiele systemów plików.
Atrybuty pliku
To dodatkowe informacje dołączane do pliku. Ich zadaniem jest opisywanie i regulowanie użycia pliku. W systemie plików FAT istnieją cztery rodzaje atrybutów plików: ukryty, tylko do odczytu, archiwalny i systemowy. W systemie NTFS oprócz tych czterech standardowych atrybutów dodane zostały dodatkowe atrybuty bezpieczeństwa - dzięki nim wiadomo na przykład, którzy użytkownicy mają prawo do modyfikacji istniejących plików na dysku twardym. Modyfikacji atrybutów pliku w Windows można dokonać, klikając na jego ikonę prawym przyciskiem myszy i wybierając polecenie Właściwości.
Atrybut pliku to cecha charakterystyczna danego pliku w komputerze.
Atrybutami mogą być: rozmiar, nazwa, data utworzenia, modyfikacji, ostatniego dostępu, usunięcia, właściciel i grupa pliku, prawa (zapisu, odczytu itd. - mogą być odmienne dla różnych grup użytkowników), położenie, czyli wskaźnik do miejsca na urządzeniu, na którym plik został zapisany (często tablica wskaźników), czy jest to katalog, plik wykonywalny.
Atrybuty zależą od systemu operacyjnego, a dokładniej od jego systemu plików.
Pliki dzielimy na kilka typów:
pliki wykonywalne (ang. executable files), skrypty (ang. Scripts),
pliki wsadowe (ang. batch files) - zawierające program do wykonania lub polecenia dla interpretera
pliki binarne i tekstowe (ASCII).