Krajobraz parku został ukształtowany w okresie ostatniego zlodowacenia, około 12 tysięcy lat temu. Ustępujący lądolód pozostawił urozmaiconą rzeźbę terenu z licznymi kemami, ozami, polami sandrowymi i obszarami moreny dennej, poprzecinanymi rynnami lodowcowymi i zagłębieniami bezodpływowymi. W rynnach i zagłębieniach powstały liczne jeziora. Najpłytsze z nich zarosły już roślinnością torfowiskową, a w innych zbiornikach obserwować można różne stadia ich naturalnej sukcesji. Najwyższe wzniesienia parku osiągają wysokość ponad 180 m n.p.m., zaś najniżej położone tereny znajdują się nawysokości 130 m n.p.m. Północna część parku jest silnie pofałdowana, z rozległymi morenami dennymi oraz wzgórzami i wałami moreny czołowej - stanowiącymi lokalne kulminacje o stromych zboczach i wysokościach względnych dochodzących do 35 m. Podłoże tej części parku zbudowane jest z gliny, piasku i żwiru, z licznymi kamieniami o zróżnicowanym składzie mineralogicznym. Południowa część parku ma charakter bardziej płaski i stanowi początek olbrzymiego sandru, pokrytego PuszcząAugustowską- największym zwartym kompleksem leśnym w Polsce.