Na terenie PNBT wyróżniono 37 zbiorowisk roślinnych. Dominują w Parku ekosystemy świeżych borów sosnowych. . Znaczne powierzchnie zajmują również bory chrobotkowe z dużym udziałem rzadkich gatunków porostów. Flora porostów hczy około 200 gatunków, z czego znaczny procent tworzą chrobotki (Cladonia), brodaczki (Usnea) i włostki (Bryoria).). Niezwykle cennymi składnikami flory Parku są rośliny związane z jeziorami lobeliowymi: lobeha jeziorna, porybhn jeziorny i brzeżyca jednokwiatowa. Piaszczyste brzegi jezior lobeliowych porasta widłak torfowy igożdzisty. Na brzegach innych jezior spotkać można interesujący gatunek atlantycki - kłóć wiechowatą. Torfowiska wysokie i przejściowe są siedliskiem dla turzycy bagiennej, rosiczki okrągłolistuej, długolistuej i pośredniej, przygiełki brunatnej, czernieni błotnej i innych. Dużym urozmaiceniem są śródleśne łąki, uaktórych odnaleźć można m in. uasięźrzał pospolity.