Obecnie na terenie parku potwierdzono występowanie około 500 gatunków roślin naczyniowych, prawie 200 gat. mchów oraz liczne porosty, glony i wątrobowce. Na Babiej Górze występuje 70 gatunków wysokogórskich oraz 54 objętych ochroną gatunkową.
Do osobliwości należą okrzyn jeleni (będący symbolem parku)i rogownica alpejska, które w parku mają jedyne stanowiska w Polsce. Masyw Babiej Góry jest naturalnym modelowym, przykładem, ukazującym piętrowy układ roślinności w górach. W reglu dolnym (700-1150 m n.p.m.) króluje żyzna buczyna karpacka a jodły, bitki i świerki osiągają 40 m wysokości i ponad 350 cm obwodu. W bogatym runie często spotkać można m.in. żywiec cebulkowy i czosnek niedźwiedzi. W piętrze tym występują również boty jodłowo-świerkowe. W reglu górnym (1150-1350 m n.p.m.) dominują wysokie, smukłe i silnie ugałęzione świerki. Największy obszar parku zajmuje accidofilna zachodniokarpacka świerczyna gómoreglowa, jako jedyny zespól spośród zbiorowisk leśnych wykształcający się na siedliskach bezwapietmych tworzy zwarte i cieniste drzewostany.
Powyżej piętra regla górnego występuje zbiorowisko kosodrzewiny karpackiej z zaroślami jar zębiny i kępami ziołorośli. Zwarty pas kosodr zewiny (1391-1650 m n.p.m.) poprzecinany jest rumoszem skalnym. Na najbardziej stromych stokach występuje zespól kostrzewy pstrej - jedyny endemiczny zespól roślinny Babiej Góry. Jesienią charakterystyczny brunatny kolor nadają murawom piętra alpejskiego (1650 - 1725 m n.p.m.) sit skucina i kosmatka brunatna