ilości pełnionych pizez ich obywateli mandatów komisarzy nie można być większa niż 1. Ta rotacja miała być ustalona w takim systemie, który będzie odzwierciedlał różnorodność demograficzną i geograficzną Unii Europejskiej. Miało nie być takiej sytuacji, że mamy Komisję Europejską złożoną z komisarzy reprezentujących państwa tylko południowej i środkowej Europy. W Komisji muszą być przedstawiciele, którzy będą sobie zdawali sprawę z uwarunkowań w całej Unii Europejskiej.
Traktat zastrzega, że zmiana składu Komisji nastąpi od 2014 roku, chyba że Rada Europejska, stanowiąc jednomyślnie, podejmie decyzję o zmianie tej liczby. Kiedy byl przyjmowany Traktat z Lizbony, pojawiły się pewne problemy. Jednym z nich było referendum w Irlandii, które za pierwszym razem dało wynik negatywny. Później było drugie referendum, ale to referendum musiało być odpowiednio przygotowane. Bardzo uważnie przeanalizowano powody, które doprowadziły do tego, że naród irlandzki opowiedział się przeciwko Traktatowi z Lizbony. Okazało się, że jednym z zastrzeżeń wobec Traktatu z Lizbony było to, że zmienia się skład Komisji i może być tak, że Irlandia w Komisji nie będzie reprezentowana. W czerwcu 2009 przed drugim referendum zebrała się Rada Europejska i tam zapadła decyzja polityczna następującej treści: „Po uważnym przeanalizowaniu obawr Narodu Irlandzkiego przedstawionych przez Premiera tego kraju. Rada Europejska na posiedzeniu uzgodniła, że jeżeli Traktat z Lizbony wejdzie w życie, podjęta zostanie zgodnie z niezbędnymi procedurami prawnym decyzja o pozostawieniu w składzie Komisji jednego obywatela z każdego panstwra członkowskiego”. Oznacza to, że jednak zmiany składu Komisji najprawdopodobniej nie będzie. Do tego jest potrzebna decyzja wymagana Traktatem, ale ta decyzja polityczna już została podjęta. Oznacza to, że to małe zastrzeżenie, o ile Rada Europejska nie postanowi inaczej, pozostawienie pewnego magnesu spowodowało, że udało się w pewnym sensie renegocjować traktat bez zawierania nowego traktatu.
Niezależnie od tego, czy zmieni się skład Komisji czy też nie, Traktat z Lizbony wprowadza nowy sposób wyboru Komisji Europejskiej. Jest on zbliżony do dotychczasowego, niemniej jednak większe kompetencje zostały przyznane Parlamentowi Europejskiemu.
Komisja jest organem kadencyjnym wybieranym na okres 5 lat. Traktat dzisiaj bardzo wyraźnie wiąże kadencję Komisji z kadencją Parlamentu Europejskiego. To jest pewuie nawiązanie do tradycji parlamentarno-gabinetowej. W państwach o takim ustroju po wyborach powołuje się now^y rząd. Nie jest tu analogicznie. Wybór Komisji nie jest