- różnica poziomów w naczynkach
wprowadzanie rurki za pomocą prądu - ryzyko, że nie wszystkie składniki przejdą do kapilary.
Optymalizacja metody rozdziału -Nieograniczone pole manewru, można wybierać różne metody i
parametry:
• średnica wewnętrzna kapilary
• długość kapilary
• skład buforu
• napięcie
• temperatura
• detekcja
• kapilarna elektroforeza strefowa - szybkość migracji jonów to wypadkowa ich stosunku ładunku do masy cząsteczek. Składniki poruszają się z różną prędkością pod wpływem przyłożonego napięcia. Metoda ta pozwala na rozdzielenie substancji drobno i wielkocząsteczkowych.
• izoelektryczne ogniskowanie - nakładamy próbkę, następuje zogniskowanie na całej długości kapilary. Po zogniskowaniu wywiera się ciśnienie na kapilarę, aby prążki przemieścić do detektora i umożliwić odczytanie. Składniki kapilary rozdzielane są w gradiencie pH wytwarzanym we wnętrzu kapilary, poruszając się pod wpływem przyłożonego napięcia do momentu osiągnięcia strefy pH odpowiadającej punktowi izoelektrycznemu danej substancji. Rozdziela się związki o charakterze amfoterycznym.
• żelowa elektroforeza kapilarna - można rozdzielać cząsteczki ze względu na ich różnicę wielkości. Rozdział zachodzi w kapilarze wypełnionej żelem o odpowiedniej średnicy porów, w której szybkość migracji makromolekuł zależy od wielkości ich cząsteczek. Możliwy jest rozdział kwasów nukleinowych, oligonukleotydów, peptydów i białek.
• izotachoforeza kapilarna - 2 rodzaje elektrolitów: wiodący - jony bardzo szybko poruszając się i opóźniony: jony o niskiej ruchliwości. Próbkę wprowadza się pomiędzy dwa elektrolity. Po przyłożeniu napięcia jony wędrują za buforem „wiodącym" według malejącej ruchliwości. Składniki próbki dzielą się na jony, które szybciej i wolnej się wydzielają. Kolejność wydzielania: najpierw jony chlorkowe, potem białka i na końcu jony cynowe.
• micelarna chromatografia elektrokinetyczna - do buforu dodajemy detergentu (surfaktant -środek powierzchniowo czynny) w stężeniu, które przekracza krytyczne stężenie micelacji. Tworzą się micele- hydrofilowe grupy układają się na zewnątrz miceli, hydrofobowe - wewnątrz. Składniki próbki dzielą się ze względu na stopień hydrofobowości. Po przyłożeniu prądu następuje przepływ elektroosmotyczny do ujemnej elektrody. Micele na zewnątrz mają ładunek ujemny, części hydrofobowe z micelami będą opóźnione w stosunku do cząsteczek rozpuszczonych. Najwcześniej otrzymamy cząsteczki rozpuszczone i neutralne, a potem micele -najdłuższy czas retencji mają te cząsteczki hydrofobowe przyłączone do miceli.
• elektrochromatoarafia kapilarna - kolumna chromatograficzna kapilarna, wypełniona fazą stacjonarną. Oddziałują części hydrofobowe. Przepływ jest wymuszony, przy użyciu prądu. Zjonizowane części niehydrofobowe bardzo szybko przejdą przez kapilarę. W przypadku analitów obdarzonych ładunkiem, wykorzystywana jest również ich ruchliwość w polu elektrycznym.
- analiza różnych jonów - aniony, kationy
- analiza leków
- analiza białek, węglowodanów, kwasy nukleinowe itp.