System podatkowy stwarza więc negatywne bodźce dla rozwoju branż o tzw. wysokiej technologii, wymagającej zatrudniania drogich specjalistów. Jest to szczególnie niepożądane w przypadku kraju którego celem jest szybki rozwój gospodarczy i tworzenie miejsc pracy w konkurencyjnych branżach.
Z drugiej strony sytuacja ta zniechęca do podnoszenia kwalifikacji także samych pracowników, ponieważ po pierwsze zmuszeni są oni oddawać znacznie większą część swoich dochodów w formie podatków i składek, a po drugie pracodawcy nie są (o czym powyżej) skłonni do ich zatrudniania.
System podatkowy jest nadmiernie skomplikowany, głównie z powodu wielości rozmaitych ulg podatkowych. Ich liczba gwałtownie wzrosła w latach 1993 - 1997, tzn. po dokonaniu pierwszej reformy podatkowej.
Ulgi podatkowe występują we wszystkich najważniejszych podatkach:
□ w podatku dochodowym od osób fizycznych:
o 125 zwolnień określonych w ustawie i przepisach wykonawczych,
o 13 rodzajów odliczeń od dochodu, o 16 rodzajów odliczeń od podatku.
□ w podatku dochodowym od osób prawnych - ponad 40 zwolnień ustawowych:
□ w podatku od towarów i usług - 17 kategorii zwolnień ustawowych i poza ustawowych,
□ liczne ulgi występują również w podatku akcyzowym, rolnym, leśnym i w podatku od nieruchomości.
W polskim systemie podatkowym występują ponadto ulgi uzależnione od uznania administracji podatkowej. Należą do nich: zaniechanie ustalania zobowiązań podatkowych i poboru podatków, odroczenie terminu płatności podatku, rozłożenie na raty zapłaty podatku lub zaległości podatkowej wraz z odsetkami za zwłokę oraz umorzenie zaległości podatkowych.
Przepisy podatkowe w wielu miejscach są niejasne, co wywołuje spory i wymaga licznych interpretacji.
Przyczyną komplikacji systemu podatkowego jest także duża liczba aktów prawnych, które go określają. We wszystkich rodzajach podatków ustawy podatkowe stanowią jedynie niewielką część obowiązujących regulacji. Na przykład w przypadku ustawy o podatku dochodowym od osób fizycznych prócz ustaw obowiązujące są: