28176

Informatyka w selekcji Ćwiczenie nr 1

1.    Do pakietu R wczytać plik zamieszczony na stronie http://theta.edu.pl o nazwie dane.csv. W kolejnych kolumnach znajdują się: numer krowy, numer ojca, numer matki, wydajność mleczna, rok urodzenia, stado oraz dwa allele pewnego markera genetycznego wpływającego na mleczność krów. Uwaga! Jeśli któryś z numerów jest równy '99999' oznacza to, że dane te są brakujące.

2.    Ile mamy różnych osobników w pliku z danymi?

3.    Potomkami ilu buhajów są zamieszczone tam krowy?

4.    W którym stadzie jest najwięcej krów?

5.    Sporządzić wykres obrazujący podział krów na stada?

6.    Przedstawić statystyki opisane dla wydajności mlecznej. Za statystyki opisowe będziemy uważać średnią, odchylenie standardowe i medianę oraz wartość minimalną i maksymalną.

7.    Przekodować numery '99999' na '0'.

8.    Krowy z którego stada dają średnio najwięcej mleka?

9.    Dla wydajności mlecznej sporządzić wykres typu 'boxplot' i zinterpretować go.

10.    Ile alleli ma rozważany marker genetyczny?

11.    Dla każdego osobnika i każdego markera wyznaczyć genotypy?

12.    Dla każdego z genotypów zamienić wartości znakowe na liczbowe tzn. genotyp AA na wartość -1, genotyp AB na wartość 0 oraz genotyp BB na wartość 1.

13.    Wyznaczyć częstości występowania danego genotypu.

14.    Zapisać nowo powstały plik na dysku.