limy iii sposobem uzasadniania twierdzeń metafizycznych jest tzw. dowód nie wprost, posiadający charakter rozumowania redukcyjnego Pierwszym etapem takiego dowodzenia jest nagromadzenie wiedzy empirycznej poprzez poznanie zmysłowe Intelekt, analizując nagromadzony materiał, stawia w formie hipotetycznej pewne twierdzenia. Następnie, również w formie hipotezy, dokonuje negacji postawionego twierdzenia i bada. czy nie prowadzi to do sprzeczności z faktami empirycznymi lub zdaniami oczywistymi. Jeżeli taka sprzeczność zachodzi to negacja sformułowanego twierdzenia okazuje się fałszywa, a samo twierdzenie przekształca się z hipotezy w pewną tezę czy teorię Dodać należy, iż redukcja stosowana w metafizyce totnistycznej różni się od redukcji przyrodniczej: pierwsza wychodzi z analizy substancjalnych elementów bytu i dlatego prowadzi do konkluzji pewnej, druga natomiast odwołuje się do elementów akcydentalnych rzeczywistości i daje wyniki jedynie prawdopodobne.
Isnueją jeszcze inne diarakterystyczne rysy metody metafizyki totnistycznej. Jedną z nich jest zalecenie, aby nowo formułowaną teorię czy hipotezę weryfikować poprzez badanie jej zgodności z całością systemu filozofii tomistycznej
Metafizyka tomistyczna to nic innego, jak imiesprzeczniające tłumaczeniem rzeczywistości. Pomocna jest wreszcie metoda historyczno-kompararywna. mianowicie kategorie i zasady filozoficzne należy interpretować w kontekście historycznym. Niektórzy tomiści sądzą że w pierwotnej intuicji bym są implicite uchwycone wszystkie istotne tezy metafizyki. Istnieje mianowicie współzależność podstawowych kategorii i teorii filozofii bym. Oczywiście jest konieczne redakcyjno- -dydaktyczne uporządkowanie materiału, ale w aspekcie merytoryczno-problemowym pojęcie bym implikuje całą metafizykę.
Całkowicie odmienną metodę na terenie filozofii zastosował Kartezjusz. Zapatrzony w precyzję nauk matematycznych sądził, ze inne nauki mogą być równie dokładne i jednoznaczne. Praktyczną ilustracją kartęzjańskiej metody filozoficznej są podane przez mego reguły zawarte w dziele Rcaprowa o metodzie