W trakcie prowadzenia postępowania sprawdzającego poszerzonego i specjalnego dodatkowo ustala się, czy istnieją wątpliwości:
związane z wyraźną różnicą między poziomem życia osoby sprawdzanej a uzyskiwanymi przez nią dochodami,
związane z ewentualnymi informacjami o chorobie psychicznej lub innych zakłóceniach czynności psychicznych ograniczających sprawność umysłową i mogących negatywnie wpłynąć na zdolność osoby sprawdzanej do zajmowania stanowiska albo wykonywania prac związanych z dostępem do informacji niejawnych stanowiących tajemnicę państwową, związane z uzależnieniem od alkoholu lub narkotyków.
W celu dokonania ustaleń, o których mowa w dwóch ostatnich przypadkach, służba ochrony państwa może zobowiązać sprawdzaną osobę do poddania się specjalistycznym badaniom oraz do udostępnienia wyników tych badań.
Pozytywny wynik postępowania sprawdzającego skutkuje wydaniem przez pełnomocnika ochrony lub właściwą służbę ochrony państwa poświadczenia bezpieczeństwa. Dokument ten upoważnia osobę, której został wydany, do dostępu do informacji niejawnych oznaczonych klauzulą w nim określoną, a także niższymi , w zakresie niezbędnym do wykonywania przez nią pracy lub pełnienia służby na zajmowanym stanowisku albo innej pracy zleconej. Wydane poświadczenie bezpieczeństwa jest przekazywane osobie sprawdzanej, jednocześnie zawiadamia się o tym osobę upoważnioną do obsady stanowiska.
W wypadku, jeżeli nie zostaną usunięte wątpliwości, czy osoba sprawdzana daje rękojmię zachowania tajemnicy, są one rozstrzygane na korzyść państwa. Oznacza to, że pełnomocnik lub właściwa służba ochrony państwa odmawia osobie sprawdzanej wydania poświadczenia bezpieczeństwa uprawniającego do podjęcia prac związanych z dostępem do informacji niejawnych. Podstawę do odmowy wydania poświadczenia bezpieczeństwa stanowi również świadome podanie nieprawdziwych lub niepełnych danych w ankiecie.
Obligatoryjna odmowa wydania poświadczenia bezpieczeństwa występuje w trzech wypadkach :
jeżeli nie zostaną usunięte wątpliwości, czy osoba sprawdzana daje rękojmię zachowania tajemnicy,
jeżeli osoba sprawdzana świadomie poda nieprawdziwe lub niepełne dane w ankiecie, jeżeli nie zostaną usunięte wątpliwości, o których mowa w art.35 ust.2 i 3 ustawy.
Fakultatywna odmowa wydania poświadczenia bezpieczeństwa występuje w zwykłych postępowaniach sprawdzających, w przypadkach, jeżeli osoba sprawdzana została skazana prawomocnym wyrokiem za przestępstwo umyślne ścigane z oskarżenia publicznego.
W wypadku odmowy wydania poświadczenia bezpieczeństwa osoba upoważniona do obsady stanowiska jest zobowiązana, niezwłocznie po otrzymaniu zawiadomienia, uniemożliwić dostęp do informacji niejawnych osobie, której odmowa dotyczy.
Należy przy tym dodać, że odmowa wydania poświadczenia bezpieczeństwa nie jest wiążąca dla osoby upoważnionej do obsady stanowiska, z którym łączy się dostęp do informacji niejawnych, ale tylko stanowiących tajemnicę służbową. Jednocześnie ustawodawca zobowiązuje w takim przypadku do niezwłocznego powiadomienia o odmowie właściwą służbę ochrony państwa.
Postępowanie sprawdzające wobec osoby, która nie uzyskała poświadczenia bezpieczeństwa, można ponownie przeprowadzić najwcześniej po roku od daty odmowy jego wydania.
Przeprowadzone w toku postępowania sprawdzającego czynności są dokumentowane w aktach. Istotną częścią akt każdego postępowania sprawdzającego jest ankieta bezpieczeństwa osobowego