Pochodne pirymidyny: cytozyna, tymina (DNA) i uracyl (RNA)
RNA - kwas rybonukleinowy - długi, nierozgałeziony polimer, połączony wziązaniami 3’ -> 5' fosfod i estrowym i. Kowalncyjna struktura RNA od DNA różni się pod względnem 2 rzeczy. 1) jednostka cukrowa - ryboza, zawiera ona grupę 2-hydroksylową, która nie występuje w deoksyrybozie. 2) jedną z 4 zasad jest uracyl, a nie tymina.
Mostki fosfodiestrowe - ujemny ładunek. Odpycha on grupy nukleofilowe np. jon hydroksylowy -mniejsza podatność wiązań fosfodiestrowych na atak hydrolityczny. Brak grupy 2 -hydroksylowej wzmaga odporność na hydrolizę. Przez co DNA bardziej stabilne.
Nukleotydy są monomerycznymi jednostkami kwasów nukleinowych
Nukleozyd- składa się z zasady połączonej z cukrem. 4 jednostki nukleozydowe występują w RNA - adenozyna, guanozyna, cytydna i urydyna. W DNA: deoksyadenozyna, deoksyguanozyna, deoksycytydyna i tymidyna. W każdym przypadku N-9 puryn i N-1 pirymidyn jest związany z C-1' cukru. Wiązanie N-glikozydowe ma B konfigurację.
Nukleotyd- połączony nuklozyd wiązaniem estrowym z przynajmniej jedną grupą fosforanową. Najczęściej estryfikowana grupa to hydroksylowa związana z C-5‘ cukru. Grupa fosforanowa przyłączona do C-5‘ = nukleozydu-5-fosforan (5-nukleotyd). Np. ATP, deoksyguanozyno-3'-monofosforan (3‘-dGMP). Nukleotydy połączone ze sobą są monomerami, które tworzą RNA i DNA. 4 rodzaje jednostek nukleotydowych w DNA nazywamy: deoksyadenylanem, deoksyguanylanem, deoksycytydylanem i tymidylanem.
Skróty pApCpG lub pACG oznaczają trinukleotyd DNA. p-grupa fosforanowa. Łańcuch DNA wykazuje polarność Na jednym końcu wolna grupa 5-OH na drugim 3'-OH, żadna z nich nie połączona z innym nukleotydem. Kolejność zasad zapisuje się 5‘ -> 3'.
Aby cząsteczka DNA niosła za sobą info genetyczną, by tworzyła jakiś organizm musi być zbudowana z dużej liczby nukleotydów. DNa wirusa polioma - 5100 nukelotydów. Genom E.coli jest pojedyńczą cząsteczką DNA składającą sięz 2 nici o długości 4.6 miniona nukleotydów. Genom człowieka - 3 miliardy nukleotydów, rozdzielonych między 24 odrębne cząsteczki DNA o różnej długości (22 autosomy i chromosomy płci X i Y). Najdłuższa poznana - móźdźak - coś jak jelień, ale z azji - genom zbliżony do człowieka, ale rozdzielony tylko między trzy chromosomy.
2