2471497840

UNIWERSYTET WARMIŃSKO-MAZURSKI W OLSZTYNIE WYDZIAŁ BIOLOGII

Metryczka przedmiotu

WARMIŃSKO • MAZURSKI

Kod:	BIOINFORMATYKA
ECTS: 3	BIOINFORMATICS

Przedmiot:

BIOINFORMATYKA Status przedmiotu:

obowiązkowy Kod ECTS: 13013-2,_₅.B/02 Kierunek: Biotechnologia Studia: stacjonarne Poziom studiów: II stopnia

rok/semestr: 1/1_

Rodzaj zajęć:

wykłady i ćwiczenia

Liczba godzin w

semestrze/tygodniu:

wykłady: 10/2

ćwiczenia: 20/3

Metody dydaktyczne:

wykłady: wykład informacyjny,

prelekcja, wykład problemowy,

konwersatoryjny.

ćwiczenia: laboratorium z użyciem

komputera, dyskusja dydaktyczna.

Forma/warunki zaliczenia:

przedmiot kończy się zaliczeniem na

podstawie obecności i raportu z

ćwiczeń.

Ilość punktów ECTS:3 Język wykładowy: polski Przedmioty wprowadzające:

podstawy bioinformatyki, biochemia, matematyka, fizyka i biofizyka Wymagania wstępne: wiadomości z

w/w przedmiotów_

Przedmiot realizuje:

Katedra Fizjologii i Biotechnologii

Roślin Wydział Biologii

ul. Oczapowskiego la

10-719 Olsztyn,

tel.: [phone]

fax: [phone]

Osoba (y) odpowiedzialna (e) za

realizację przedmiotu:

dr Jan Paweł Jastrzębski

e-mail: [e-mail].

[e-mail]

www.uwm.edu.pl/bioinfo_

Uwagi dodatkowe: liczebność grup uzależniona od ilości stanowisk komputerowych (max. 18 osób)

TREŚCI WYKŁADÓW

Wizualizacja molekularna, modelowanie molekularne, szczegółowa instrukcja modelowania homologicznego, podstawy programowania dla biotechnologów Komputer Ailed Drug Design (CADD).

TREŚCI ĆWICZEŃ

Wizualizacja i analiza struktury przestrzennej biomolekuł (RasMol, PyMOL, VMD); Pisanie skryptówfRasMol, Python, PyMOL, VBA); modelowanie homologiczne (analiza właściwości sekwencji, przewidywanie motywów strukturalnych na poziomie sekwencji, poszukiwanie homologów, threading i modelowanie (DeepView, Modeller), analiza i weryfikacja modelu).

ZAŁOŻENIA I CELE PRZEDMIOTU JAKO EFEKTY KSZTAŁCENIA:

Wiedza

Student odtwarza metodologię modelowania homologicznego i opisuje poszczególne jego etapy; definiuje i charakteryzuje dwie podstawowe szkoły modelowania molekularnego; wymienia i tłumaczy sposoby wizualizacji molekularnej.

Umiejętności

Student posługuje się narzędziami do wizualizacji molekularnej oraz modelowania molekularnego; analizuje biomolekuły na poziomie sekwencji, struktury drugorzędowej oraz struktury przestrzennej; samodzielnie przeprowadza procedurę modelowania homologicznego; tworzy proste modele oraz sporządza podstawowe typy wizualizacji przestrzennej biomolekuł i przygotowuje samodzielnie grafikę do publikacji.

Kompetencje/Postawy

Student jest zdolny do samodzielnego przeprowadzania analiz profili fizykochemicznych sekwencji biopolimerów oraz modelowania homologicznego z wizualizacją przestrzenną; wykazuje postawę aktywną w pracy w grupie naukowej; jest otwarty na nowe/nowatorskie pomysły rozwiązania danego problemu biologicznego.

LITERATURA PODSTAWOWA

1)    Baxevanis A.D. i Ouellette B.F.F., 2004, Bioinformatyka, PWN.

2)    Higgs P.G. i Attwood T.K., 2008, Bioinformatyka i ewolucja molekularna, PWN.

3)    Claverie J.M. and Notredame C., 2003, Bioinformatics for dummies, Wiley Publishing.

LITERATURA UZUPEŁNIAJĄCA

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/ - internet http://www.rcsb.org/pdb/ - internet skrypty prowadzącego

Piśmiennictwo naukowe z zakresu modelowania molekularnego i baz danych. Publikacje tematyczne on-line, biotechnologiczne oraz bioinformatyczne serwisy internetowe