Występuje tu 20 zespołów leśnych. Ogólnie flora parku liczy ponad 1000 gatunków roślin/ w tym 728 gatunków roślin naczyniowych, 277 gatunków porostów. Spośród szczególnie rzadkich roślin należy wymienić pełnika europejskiego, kosaćca syberyjskiego czy arnikę górskę.
Białowieski Park Narodowy charakteryzuje się dużę ilościę martwego drewna. W Obszarze ochrony ścisłej zajmuje ono około 25% masy wszystkich drzew, martwe drewno staje się siedliskiem dla niezliczonej ilości grzybów, bakterii i bezkręgowców. Wiele z nich to gatunki zagrożone wyginięciem, niewystępujęce nigdzie indziej w Europie.