8928723478

i

INNOWACYJNA GOSPODARKA

H

FC	PFC CFC test t-Studenta	t- Welcha		SAM	SN	est Wilcoxona PCA
W 1 0.3898 0.4131 0.2196 0.6037		1.152	1.49	3.216	1.748
Wyniki oceny jakości klasyfikacji:
	FC PFC CFC test t-Studenta	t- Welcha		SAM	SN	Wilcoxona
AUC SVM	0.9998 0.9998 0.9998 0.9999	0.9996	0.9998	0.9998	0.9996	0.9998 0.9985
AUC DLDA	0.9939 0.9962 0.994 0.9989	0.9918	0.9937	0.9897	0.9913	0.9981 0.9669
Na	podstawie otrzymanych wyników	oceny stabilności		przy wykorzystaniu wskaźników

porównujących listę stworzoną na podstawie oryginalnego zbioru danych z listami stworzonymi na podstawie zmienionych zbiorów danych za najbardziej stabilną wybrano by listę stworzoną przy pomocy metody PFC (Probability fold change). Wskaźnik wrażliwościowy wskazuje, że najmniej wrażliwą na zmiany oryginalnego zbioru danych jest lista stworzona za pomocą metody SAM (Significance analysis of microarrays).

Na podstawie oceny jakości klasyfikacji nie jest możliwy wybór jednej konkretnej metody rangowania cech. Dlatego wykonano dodatkowo analizę biomedyczną polegającą na badaniu literaturowym powiązań „uniklanych" genów list stworzonych przy pomocy metod PFC i SAM z nowotworem jelita grubego. „Unikalnymi" genami są te, które występują jedynie na jednej z tych dwóch list. Wszystkie geny wspólne list zostały pominięte.

Wyniki analizy zostały przedstawione poniżej:

Ranga na liście Znalezione w literaturze

Nazwa genu	stworzonej za pomocą metody PFC	powiązanie z nowotworem jelita grubego
CA2	5	Nie
CA7	7	Tak
CLDN23	11	Tak
HEPACAM2	13	Nie
CLCA1	19	Tak
CHI3L1	20	Tak
CEACAM7	21	Tak
HHLA2	22	Nie
Clorfll5	23	Nie
ITLN1 Liczba genów które wedle źródeł	24	Tak
literaturowych są powiązane z nowotworem jelita grubego		6

Strona 13

Projekt „Śląska BIO-FARMA. Centrum Biotechnologii, Bioinżynierii i Bioinformatyki”