• W niektórych aplikacjach interfejs użytkownika sterownika TWAIN może nie być wyświetlany. W takim przypadku należy skorzystać z podręcznika aplikacji i odpowiednio zmienić jej ustawienia.
• Niektóre aplikacje nie obsługują ciągłego skanowania wielu dokumentów. W niektórych przypadkach akceptowany jest tylko pierwszy zeskanowany obraz bądź wiele obrazów skanowanych jest jako jeden obraz.
• W przypadku skanowania obrazów o wielkości płyty szklanej do aplikacji pakietu Microsoft Office 2000/2003 (np. programu Word, Excel lub PowerPoint) itd., należy kliknąć polecenie Wstaw niestandardowo (Custom Insert) w oknie Wstawianie obrazu ze skanera lub aparatu fotograficznego (Insert Picture from Scanner or Camera). W przeciwnym razie obraz może zostać niepoprawnie zeskanowany.
• W przypadku skanowania obrazów do aplikacji pakietu Microsoft Office 2007 (np. programu Word, Excel lub PowerPoint) należy użyć programu Microsoft Clip Organizer.
• W niektórych aplikacjach obrazy mogą być skanowane nieprawidłowo. W takim przypadku należy zwiększyć ilość pamięci wirtualnej systemu operacyjnego i ponowić próbę.
• W zależności od aplikacji, jeśli rozmiar obrazu jest zbyt duży (na przykład podczas skanowania dużych obrazów w wysokiej rozdzielczości), komputer może przestać reagować lub wskazanie paska postępu może zatrzymać się na wartości 0%. W takim przypadku należy anulować operację (np. klikając przycisk Anuluj (Cancel) widoczny na pasku postępu), zwiększyć ilość pamięci wirtualnej systemu operacyjnego lub zmniejszyć rozmiar/rozdzielczość obrazu i spróbować ponownie. Można też najpierw zeskanować obraz za pomocą programu MP Navigator EX, a następnie zapisać go i zaimportować do aplikacji.