1629289681

hodowli drożdży zostaną poddane rozdziałom elektroforetycznym metodą dwukierunkowej elektroforezy (zestaw MiniProtean III, BioRad). Porównawcza charakterystyka elektroforegramów będzie prowadzona z wykorzystaniem profesjonalnego zestawu do digitalizacji i obróbki obrazu. Wybrane plamki elektroforetyczne, odpowiadające białkom indukowanym obecnością ksenobiotyku, scharakteryzowane będą pod względem wartości punktu izoelektrycznego (pi) oraz masy cząsteczkowej (Mr). W części kursu poświęconej analizie funkcjonalnej białek, wykonane zostaną elektroforetyczne oznaczenia zymograficzne aktywności kluczowych enzymów szlaków przemian ksenobiotyków. Wstępna analiza proteomiczna polegać będzie na porównaniu map białkowych uzyskanych z hodowli prowadzonych w różnych warunkach środowiskowych, jak również na zestawieniu aktywności enzymatycznych ujawnionych w postaci prążków na odpowiednich zymogramach. Wprowadzenie do stosowanych metod analizy proteomu oraz dyskusja uzyskanych wyników odbędzie się podczas krótkich, 45-minutowych seminariów, przewidzianych dla każdego z bloków ćwiczeniowych. Jako wariant eksperymentalny ćwiczeń, przewiduje się również możliwość poddania ekstraktów białkowych frakcjonowaniu techniką cieczowej chromatografii FPLC (zestaw BioLogic, BioRad) i późniejszej charakterystyce aktywności wybranych enzymów uczestniczących w przemianach ksenobiotyków, przeprowadzonej w ujęciu kinetycznym metodą zatrzymanego przepływu za pomocą urządzenia typu stopped-flow apparatus (Applied Instruments), sprzęgniętego ze spektrofotometrem UV-VIS Jasco V-530.

Literatura podstawowa:

1.    Kraj, A., Silberring J. (red.) Proteomika. Praca zbiorowa, Wyd. Wydział Chemii Uniwersytetu Jagiellońskiego, 2004, s. 254.

2.    Pennington S. Proteomics: From Protein Seąuence to Function. Dunn M. J. (Ed.) Springer-Verlag New York, Inc., 2000.

3.    Westermeier R. Naven T. Proteomics in Practice: A Laboratory Manuał of Proteome Analysis. John Wiley & Sons, 2002.

4.    Canas B., Pineiro C., Calvo E., Lopez-Ferrer D., Gallardo J.M. (2007) Trends in sample preparation for classical and second generation proteomics. Journal of Chromatography A 1153: 235-258.

5.    Rosę J.K.C., Bashir S., Giovannoni J.J., Jahn M.M., Saravanan R.S. (2004) Tackling the plant proteome: practical approaches, hurdles and experimental tools. The Plant Journal 39: 715-733.

6.    Bodzon-Kulakowska A., Bierczynska-Krzysik A., Dyląg T., Drabik A., Suder P., Noga M., Jarzebinska J., Silberring J. Methods for samples preparation in proteomic research (2007) Journal of Chromatography B 849: 1-31.

Literatura uzupełniająca:

1.    Liebler, D. C. Introduction to Proteomics: Tools for the New Biology. Humana Press,

2002.

2.    Campbell, A. M., Heyer, L. J. Discovering Genomics, Proteomics, and Bioinformatics. Benjamin Cummings, 2002.

3.    Kęcki Z. Podstawy spektroskopii molekularnej, Wyd.Nauk. PWN Warszawa, 1998.

4.    Marshak, D.R., Kadonaga J.T., Burgess R.R., Knuth M.W., Breenan Jr. W.A., Lin S.-H. Strategies for protein purification and characterization. A laboratory course manuał. Cold Spring Harbor Lab. Press, 1996.

5.    Schlegel H. G. (2000) Mikrobiologia ogólna. PWN, Warszawa.

6.    Spencer J. F. T., Ragout de Spencer A. L., Laluce C. (2002) Non-conventional yeasts. Appl. Microbiol. Biotechnol. Vol. 58: 147-156.