274845126

Po zdefiniowaniu modelu należy określić parametry pracy programu, które obejmują: 1) wielkości, jakie program ma rejestrować, 2) czas trwania symulacji itd. Wejść na zakładkę Tasks (Rys. 5.5) i pozostawić zaznaczone pole wyboru Time course, czyli progresja reakcji, jednocześnie pilnując, by pole Steady State pozostawić niezaznaczone. Po naciśnięciu przycisku Edit można wybrać wielkości, które program będzie w trakcie symulacji rejestrować (Rys. 5.5). Pojawi się okno (Rys. 5.6) w którym dokonujemy wyboru poprzez podświetlenie pożądanej pozycji w rozwijanym menu i przyciśnięcie przycisku Add. Po lewej stronie okna przedstawione są schematycznie katalogi grupujące poszczególne wielkości; można je rozwijać, klikając na znak plus. Po zaznaczeniu określonego katalogu w oknie środkowym pojawią się zawarte w nim wielkości, które możemy wybiórczo podświetlać i poprzez kliknięcie na Add dodawać do listy wielkości, których zmiany program będzie śledził w trakcie symulacji. Wybrane wielkości będą wyświetlone w prawej części okna. Należy wybrać czas oraz przejściowe stężenia (transient concentrations pod metabolites) substratu i produktu: time, [S]_t, [P]_t (Rys. 5.6). Wybrane wielkości pojawią się w prawym polu okna Tasks jak na Rys. 5.5. Należy jeszcze podać czas zakończenia reakcji End Time - 5 oraz ilość punktów, dla których program dokona obliczeń Points - 50 (Rys. 5.5)

Wszystkie wprowadzane wielkości są wielokrotnością jednostek zdefiniowanych pod Units, które możemy odczytać w głównym oknie programu - zakładka Model Definition (Rys. 5.1) i których w trakcie ćwiczenia nie należy zmieniać.

Po zdefiniowaniu modelu oraz wybraniu parametrów pracy programu można przeprowadzić symulację. Program rozpoczyna symulację po naciśnięciu przycisku Run (por. Rys. 5.5). Zapytani o nazwę pliku, w jakim program ma zachować wynik symulacji, wpisujemy swoje nazwisko.

Aby obejrzeć wynik symulacji, klikamy myszą na zakładkę Plot, otwierającą okno (Rys. 5.7), w którym zadajemy sposób prezentacji wyników w postaci wykresu. Jako rodzaj wykresu - Type zaznaczamy opcję 2D. w polu osi 0X (X-axis) zaznaczamy czas (time), a w polu osi 0Y (Y-axis) zaznaczamy stężenie substratu i produktu czyli [S]_t, [P]_t. Na zakładce Plot zaznaczyć pole wyboru key. Pozostałe opcje wybieramy jak na Rys. 8. Po naciśnięciu przycisku Plot!, pojawi się wykres obrazujący zmiany stężenia substratu i produktu w czasie. Po otrzymaniu wykresu należy wypełnić odpowiednie pola arkusza sprawozdania i odpowiedzieć na zadane pytania.

Model reakcji odwracalnej

Nacisnąć File i wybrać New. W czasie definiowania modelu i określania parametrów pracy programu postępować analogicznie jak przy modelu reakcji nieodwracalnej, w razie potrzeby korzystając z powyżej zamieszczonego opisu. Wpisać reakcję: S = P (zakładka Model Definition i przycisk Reactions), początkowe stężenia S = 10 i P = 0 (przycisk Metabolites), zdefiniować kinetykę przemiany S = P jako Mass action (reversible) i określić wartości stałych szybkości reakcji k (przycisk Kinetics). Odpowiednio, zależnie od wariantu: wariant a) k, = 1 i k₂ = 1; wariant b) k| = 1 i k₂ = 2; wariant c) k| = 2 i k₂ = 1. Na zakładce Tasks wypełnić wszystko tak samo jak poprzednio, pamiętając o tym, by pole Steady State pozostawić niezaznaczone. Nacisnąć przycisk Run; zapytani o nazwę pliku w jakim program ma zachować wynik symulacji, wpisać swoje nazwisko i numer symulacji, np. 2, a po zakończeniu symulacji otrzymać wykres zmian stężeń S i P w czasie (zakładka Plot). Po otrzymaniu wykresu należy wypełnić odpowiednie pola arkusza sprawozdania i odpowiedzieć na zadane pytania.

Reakcja, w której na jedną cząsteczkę powstającego produktu są wykorzystywane dwie cząsteczki substratu

Wybrać File i New. Następnie zdefiniować reakcję: S + S -> P, stężenia początkowe S = 10 i P = 0, określić kinetykę przemiany jako Mass action (irreversible) i wpisać wartość stałej szybkości reakcji k =

O. 1. Na zakładce Tasks po naciśnięciu Edit kazać programowi rejestrować czas oraz stężenia przejściowe S i

P.    End Time niech będzie równe 5, a Points - 50. Należy pamiętać, by pole wyboru Stady State pozostało nie zaznaczone. Po przeprowadzeniu symulacji otrzymać wykres zmian stężeń substratu i produktu w czasie.

Po otrzymaniu wykresu należy wypełnić odpowiednie pola arkusza sprawozdania i odpowiedzieć na zadane pytania.