274845129

Należy pamiętać, by zaznaczone było okno wyboru Time course, a okno wyboru Steady State nie było zaznaczone. Wybrać czas zakończenia reakcji 70 i Points - 100. Przeprowadzić symulację i obejrzeć jej wynik w postaci wykresu: wybrać opcję Multiplot, wykreślić zależności stężeń [S], [P], [I]_t [El], [ES], i [E], od czasu. Nie zamykać okna z wykresami.

Następnie wejść na zakładkę Model Definition i po wciśnięciu Metabolites zmienić stężenie początkowe I na 50. Ponownie przeprowadzić symulację i otrzymać odpowiednie wykresy. Wykonać polecenia określone w sprawozdaniu.

Następnie zbadać, jak zmienia się szybkość reakcji w zależności od stężenia substratu przy stałej ilości inhibitora. Należy pozostawić stężenie początkowe [I] = 50, wejść na zakładkę Scan, wcisnąć Enable. wybrać [S]j (w grupie initial concentrations). nacisnąć Add, określić wartość minimalną na 50 a maksymalną na 500, Density = 20. Przeprowadzić symulację oraz otrzymać takie same jak poprzednio wykresy zmian stężenia produktu w zależności od czasu. Należy wypełnić odpowiednią część sprawozdania.

Zbadać, jak zmiana szybkości tworzenia kompleksu enzym-inhibitor wpływa na wydajność hamowania. Zmienić stałą szybkości reakcji tworzenia kompleksu El na równą 50, pozostawiając stałą szybkości jego rozpadu bez zmian ( zakładka Model Definition, okno Kinetics, stała k,). Przeprowadzić symulację, otrzymać takie same jak poprzednio wykresy. Należy wypełnić odpowiednią część sprawozdania.

D. Model hamowania niewspółzawodniczego

Inhibitor niewspółzawodniczy wiąże się z enzymem w innym miejscu niż substrat i zmienia jego aktywność katalityczną, nie wpływając na powinowactwo enzymu do substratu. Substrat może się wiązać zarówno do wolnego enzymu, jak i do kompleksu enzym inhibitor, podobnie inhibitor może się przyłączać do kompleksu enzym substrat zanim ten ulegnie rozpadowi uwalniając produkt i enzym. Jeżeli kompleks enzym-substrat-inhibitor nie może ulec rozpadowi z wytworzeniem produktu to mamy czyste hamowanie niewspółzawodnicze. Jeżeli kompleks enzym-substrat-inhibitor może rozpadać się do kompleksu enzym-inhibitor + produkt to mówimy o hamowaniu częściowo niewspółzawodniczym.

Zaproponować schemat reakcji obrazujący model hamowania niewspółzawodniczego. Po zweryfikowaniu go u osoby, prowadzącej zajęcia korzystając z umiejętności zdobytych w poprzedniej części ćwiczenia, utworzyć w programie Gepasi model hamowania niewspółzawodniczego czystego i zbadać, jak wzrost początkowego stężenia substratu wpływa na wydajność hamowania niewspółzawodniczego przy stałym stężeniu inhibitora. Wypełnić zadania określone w sprawozdaniu.