3462403037

2.    Uruchomienie kolejnej operacji przez użytkownika.

3.    Wykonanie wybranej operacji, a następnie dokonanie automatycznej aktualizacji listy dopasowań w oparciu o strukturę integrowanych ontologii po dokonaniu zmian przez użytkownika. Powrót do punktu 2.

Wtyczka wspomaga więc użytkownika, znajdując miejsca potencjalnie wymagające jego interwencji. Na rysunku 2.2 widoczna jest propozyjca scalenia dwóch elementów: pizzy LaReine oraz rozmiaru Large z ontolgii aminokwasów. Jest ona wynikiem działania tego mechanizmu podpowiedzi. Jak widać otrzymywane rezultaty nie zawsze są sensowne, mimo to mechanizm ten jest niewątpliwie zaletą ocenianego narzędzia.

Niestety wtyczka nie jest kompatybilna z najnowszą wersją edytora Protege 4.0.2 ze względu na zmiany w implementacji wtyczek. Do testów wykorzystano edytor Protege 3.0 oraz wtyczkę Prompt w stabilnej wersji 2.3.2.

2.2.2. OBO-Edit

OBO-Edit to otwarty edytor ontologii napisany w języku Java. Jest on zoptymalizowany pod format plików OBO reprezentujących ontologie biologiczne. Edytor został stworzony przez „Gene Ontology Consortium” i jest rozwijany w ramach „Berkeley Bioinformatics and Ontologies Project” [6]. Narzędzie to posiada dwie, interesujące z punktu widzenia integracji, funkcjonalności:

•    klonowanie i scalanie klas,

•    zarządzanie różnymi wersjami tej samej ontologii, niestety tylko w formacie OBO.

W trakcie testów podjęta zostanie próba wykorzystania tych funkcjonalności do zintegrowania ontologii.

Aby zintegrować 2 ontologie w edytorze OBO-Edit należy je najpierw przekształcić do formatu OBO. Następnie trzeba je scalić wskazując, jako wspólną wersję źródłową dla programu, pusty plik. W efekcie powstanie ontologia, zawierająca wszystkie elementy z obu scalanych ontologii, na której można pracować. Ontologię tą najlepiej zapisywać i przechowywać w formacie OBO.

11