Instytut Matematyki AP prowadzi różnego rodzaju studia podyplomowe dla nauczycieli już od wielu lat. Są to np. studia doskonalące kwalifikacje nauczycieli matematyki w szkole podstawowej i gimnazjum -Nauczanie matematyki w zreformowanej szkole. Na studia te Instytut otrzymał w latach 2000 i 2001 grant z Ministerstwa Edukacji Narodowej.
Przykładem innego, w pewnym sensie innowacyjnego, projektu studiów podyplomowych są studia kierowane do wykwalifikowanych nauczycieli matematyki - Diagnoza i terapia trudności w uczeniu się matematyki. Projekt ten powstał we współpracy z Katedrą Psychologii i w swoim zamierzeniu ma odpowiadać na coraz mocniej rysującą się potrzebę uwzględniania w szkolnym nauczaniu matematyki problemów dzieci mających objawy dysleksji rozwojowej, a w szczególności dyskalkulii. Dlatego też w planie studiów wyodrębnia się blok przedmiotów psychologicznych takich, jak współczesne kierunki badań nad inteligencją i uzdolnieniami matematycznymi, diagnoza psychologiczna trudności w uczeniu się matematyki, psychologiczna terapia trudności w uczeniu się matematyki, diagnoza i terapia dyskalkulii.
Przedmioty psychologiczne uzupełnia zestaw przedmiotów z zakresu dydaktyki matematyki, w tym m.in: dydaktyka podstaw arytmetyki z elementami reedukacji, rola kalkulatora i kalkulatora graficznego w terapii matematycznych trudności dzieci, materiały konkretne i manualna aktywność we wspomaganiu uczenia się matematyki, rola zainteresowań i motywacji w profilaktyce trudności w uczeniu się matematyki, pozytywne wykorzystanie błędów uczniowskich (seminarium) i inne.
Celem omawianych studiów jest przygotowanie nauczycieli matematyki do pracy z uczniami mającymi określone trudności w uczeniu się matematyki, uczęszczającymi do tzw. klas integracyjnych i wymagającymi często szczególnej uwagi nauczyciela.
Wychodząc naprzeciw potrzebom środowiska nauczycielskiego Instytut Matematyki uruchomił również studia podyplomowe nie kierowane do wykwalifikowanych nauczycieli matematyki. W związku z licznymi zmianami w strukturze szkolnej spowodowanymi wprowadzoną i ciągle doskonaloną reformą edukacji w Polsce, nastąpiła potrzeba pewnego przeobrażenia także kształcenia nauczycieli na poziomie podyplomowym. Jedną z prób poszukiwania nowej formuły kształcenia nauczycieli jest modyfikacja prowadzonych przez Instytut Matematyki kwalifikacyjnych studiów podyplomowych z matematyki. W pierwotnej swojej wersji studia te adresowane były do nauczycieli - absolwentów innych niż matematyka kierunków studiów - jednak mających w programie swoich studiów „macierzystych” przynajmniej jeden semestr przedmiotu o charakterze matematycznym. Wspomniana modyfikacja dotyczy umożliwienia uczestniczenia w tych studiach na uczycielom niespełniającym tego wymogu. Oznacza to możliwość zdobycia uprawnień do nauczania ma tematyki przez nauczycieli np. przyrody, historii itd.
Zestaw przedmiotów realizowanych na studiach podyplomowych z matematyki obejmuje: dydaktykę matematyki, analizę matematyczną, geometrię, algebrę i rachunek prawdopodobieństwa z elementami statystyki matematycznej. Przedmioty te uzupełnia praktyka przedmiotowo-metodyczna w szkole.
Aby umożliwić uzupełnienie ewentualnych zaległości z zakresu matematyki studentom, którzy w ramach ukończonych przez siebie studiów nie mieli matematyki w ogóle, plan studiów uzupełniono o przedmiot o nazwie repetytorium z matematyki szkolnej w wymiarze 30 godzin. Zakłada się więc przypomnienie wybranych treści matematycznych stanowiących bazę dla matematyki szkolnej z wyraźnym ukierunkowaniem ich na związki z materiałem szkolnym i praktyczne zastosowania.