Historia Uniwersytetu Medycznego jest kontynuacją XVIII-wiecznej tradycji praktykowania medycyny oraz dbałości o zdrowie publiczne w Białymstoku. W tym czasie działała pałacowa szkoła położnych, przekształcona później w jeden z nielicznych w kraju Instytut Akuszerii, założony przez dr Jakuba Michelisa na początku XIX wieku. W Instytucie działała klinika, spełniająca funkcje zarówno lecznicze jak i dydaktyczne.
Oficjalnie Uczelnia została powołana w 1950 r. jako dziesiąta w Polsce Akademia Lekarska. Wkrótce zmieniono jej nazwę na Akademię Medyczną. Główną siedzibą nowo powstałej placówki stał się Pałac Branickich. Pierwszym Rektorem Akademii Medycznej w Białymstoku został mianowany prof. Tadeusz Kielanowski wywodzący się ze środowiska lwowskiego. W gronie nauczycieli akademickich Uczelni znalazło się wielu przedwojennych pracowników i absolwentów uniwersytetów z Wilna, Krakowa, Lwowa, Poznania, Warszawy czy Lublina. Naukę na Wydziale Lekarskim rozpoczęło 168 studentów. Większość zakładów teoretycznych ulokowano w sąsiednim budynku - dawnym Seminarium Nauczycielskim - obecnie Collegium Primum. Gmachy przekazane Uczelni zostały zniszczone w 1944 r. Po zakończeniu wojny rozpoczęto ich odbudowę. Po powołaniu Akademii Medycznej przy pracach budowlano-remontowych pomagali również pracownicy i studenci. Bazą kliniczną nowej Uczelni staty się funkcjonujące w mieście szpitale, ocalałe z pożogi wojennej.