Głównymi wadami wytopu mokrego są warunki sprzyjające hydrolizie wiązań estrowych w TAG, w związku z czym olej może charakteryzować się wysoką zawartością produktów degradacji TAG. Wysoka temperatura prowadzi też do denaturacji białek, w tym metaloprotein pochodzących z resztek tkanki mięśniowej na odpadach z ryb. Uwolnione jony metali działają jako prooksydanty i sprzyjają procesom utleniania, na które szczególnie wrażliwe są PUFA. Poprawę stabilności i jakości oleju rybnego w przypadku mokrego wytopu na gorąco można uzyskać przez obniżenie pH fazy wodno-olejowej poniżej 2. Według Crowther i in. 2001 w takich warunkach inaktywowane zostają enzymy - m.in. lipooksygenazy i peroksydazy, co zapobiega utlenianiu się i powstawaniu nieprzyjemnego zapachu w otrzymywanym oleju.
W przypadku pozyskiwania oleju z wątrób ryb, zawierających mniej niż 28% tłuszczu, a bogatych w witaminę A już w latach 30-tych ubiegłego wieku zaproponowano modyfikacje metody mokrego wytopu, mające na celu polepszenie wydajności procesu. W celu rozbicia układów białkowo-lipidowych w tkankach i zwiększenia odzysku tłuszczu zastosowano kwaśną lub alkaliczną obróbkę wstępną. Kwaśna obróbka polega na macerowaniu surowca przy pH środowiska ok. 1,5. W metodzie trawienia alkalicznego zhomogenizowane wątroby rybne są traktowane roztworem wodorotlenku sodu lub innej, słabszej zasady. W metodzie tej ważny jest dobór odpowiednich warunków procesu, takich jak czas działania zasady, proporcje wzajemne składników: tkanka - roztwór zasady oraz warunków mieszania. Nieprawidłowo dobrane parametry prowadzić mogą do powstania w trakcie procesu mydeł i emulsji. Dlatego tez roztwór zasady dozuje się w dwóch porcjach. Pierwsza ma za zadanie zobojętnić obecne w surowcu wolne kwasy tłuszczowe, zaś druga rozbić kompleksy białkowo-lipidowe w tkankach i uwolnić tłuszcz; pH powstałej mieszaniny mieści się w zakresie 8 - 12,5. Próbowano również udoskonalić ten proces stosując dodatkowo trawienie za pomocą enzymów.
W niektórych przypadkach, zwłaszcza dla ryb tłustych, mogą być użyte alternatywne metody bez podgrzewania surowca. Z uwagi na niekorzystne działanie wysokich temperatur podczas tradycyjnego wytopu, Barrier i Rousseau (2001) zaproponowali odzysk oleju na zimno z filetów pozbawionych skóry. Procedura obejmuje homogenizowanie surowca z wodą, w temperaturze nie przekraczającej 15°C (w zależności od lepkości homogenatu dodatek wody wynosi 10-40% w stosunku do masy surowca) i rozdzieleniu mieszaniny w dekanterze na frakcję wodno-olejową i stałe pozostałości.