Aminokwasy dzielimy na:

1. Ze względu na występującą liczbę aminowych oraz karboksylowych grup w cząsteczce wyróżniamy:

a) aminokwasy obojętne – ilość aminowych oraz karboksylowych grup jest równa,
b) aminokwasy kwaśne – ilość karboksylowych grup jest większa niż liczba grup aminowych,
c) aminokwasy zasadowe – ilość grup aminowych jest większa niż liczba grup karboksylowych.

2. Podział aminokwasów w związku z budową łańcucha węglowego:

a) aminokwasy alifatyczne,  hydroksyaminokwasy należą do nich seryna oraz treonina. Łańcuchy boczne, które posiadają są neutralne czyli pozbawione ładunku oraz polarne ze względu na obecność grupy hydroksylowej,
b) aminokwasy aromatyczne oraz heterocykliczne, należą do nich aminokwasy, które zawierają podstawnik aromatyczny czyli fenyloalanina, tyrozyna oraz tryptofan. W tyrozynie w pierścieniu występuje dodatkowo grupa hydroksylowa. Przykładem aminokwasu heteroaromatycznego jest tryptofan,
c) aminokwasy alifatyczne należą do nich: leucyna, alanina, walina, izoleucyna i prolina. Charakteryzują się posiadaniem alifatycznego, niepolarnego czyli hydrofobowego łańcucha bocznego (R).

3. Aminokwasy charakteryzujące się na polarnością grupy R występującej w pobliżu węgla a dzielimy na:

a) aminokwasy polarne – należą do ich: glicyna, arginina, asparagina, tyrozyna, lizyna, cysteina, kwas asparaginowy oraz glutaminowy, treonina, seryna i histydyna. łańcuch boczny- łańcuch wodorowy i gr. która ulega jonizacji w odpowiednich warunkach pH albo będzie tworzyć działanie dipolowe, ponieważ ma mocno naładowane atomy które powodują przesunięcie się elektronów, przez co tworzy się typowy dipol. Gr hydroksylowe
b) aminokwasy niepolarne – należą do ich: alanina,leucyna, izoleucyna, metionina, fenyloalanina, prolina i walina. najprostsze aminokwasy, w łańcuchu bocznym posiadają alifatyczne łańcuchy wodorowe. Łańcuchy te są nienaładowane, spolaryzowane, nie mają częściowego przesunięcia wiązań, nie mają zdolności do jonizacji.

4. Podział aminokwasów w związku z położeniem grupy aminowej:

a) aminokwasy α – posiadające grupę aminową, która połączona jest z atomem węgla α, który znajduje się w sąsiedztwie grupy karboksylowej,
b) aminokwasy β – posiadające grupę aminową, która połączona jest z atomem węgla β, który połączony jest z grupą karboksylową,