1.Schemat błon po freeze-fracture

2.Schemat i opis przeciwciała

Schemat przeciwciała:
1. fragment wiążący antygen
2. region Fab
3. region Fc
niebieskie - łańcuchy ciężkie
żółte - łańcuchy lekkie
ciemnoniebieskie/żółte - regiony zmienne
jasnoniebieskie/żółte - regiony stałe
szare - mostki dwusiarczkowe

Przeciwciała lub immunoglobuliny - białka wydzielane przez komórki plazmatyczne (czyli pobudzone limfocyty B) w przebiegu odpowiedzi immunologicznej typu humoralnego, które mają zdolność do swoistego rozpoznawania antygenów.
Głównym zadaniem przeciwciał jest wiązanie antygenu, co umożliwia z kolei zachodzenie innych procesów:

• opsonizacji, w wyniku której patogen zostaje zneutralizowany^[1] i może być łatwiej usuwany na drodze fagocytozy

• aktywowania dopełniacza, co skutkuje zniszczeniem niektórych typów patogenów oraz pobudzeniem odpowiedzi odpornościowej

• cytotoksyczności komórkowej zależnej od przeciwciał

• neutralizowania toksyn

• neutralizowania wirusów

• oddziaływania bakteriostatycznego

• blokowania adhezyn bakteryjnych

Budowa przeciwciał wszystkich klas jest podobna. Są to białkowe cząsteczki o kształcie zbliżonym do litery "Y", o masach cząsteczkowych od 150 do 970 kDa, złożone (w formie monomerycznej) z czterech glikozylowanych łańcuchów peptydowych. Dwa z tych łańcuchów, określane mianem łańcuchów ciężkich (H, od ang. Heavy - na rysunku kolor niebieski) są dłuższe i związane ze sobąwiązaniami dwusiarczkowymi. Pozostałe dwa łańcuchy, nazywane lekkimi (L, od ang. Light - kolor zielony) są związane z łańcuchami ciężkimi również za pomocą mostków dwusiarczkowych. Obydwa łańcuchy ciężkie w danej cząsteczce są identyczne, podobnie jest z łańcuchami lekkimi. Region, w którym występują wiązania dwusiarczkowe pomiędzy H (miejsce zgięcia łańcuchów) nazywamyregionem zawiasowym, gdyż warunkuje on tzw. zmienność segmentalną, czyli możliwość rozchylania się ramion przeciwciała.

Przeciwciało rozcięte przez papainę

Zastosowanie papainy umożliwia rozcięcie przeciwciała i uzyskanie z pojedynczej cząsteczki dwóch fragmentów Fab (ang. Fragment, antigen binding - wiążących antygen) oraz jednego fragmentu Fc (ang. Fragment, crystallizable - krystalizującego). Miejsce cięcia enzymu wypada nieco powyżej regionu zawiasowego. Na podstawie takiego trawienia enzymatycznego udało się potwierdzić istnienie dwóch funkcjonalnych części:

• fragmentów Fab, odpowiadających ramionom przeciwciała i wiążących się z antygenem

• fragmentu Fc, pełniącego funkcję efektorową, czyli odpowiadającego za różne zjawiska, które zapoczątkowuje związanie antygenu, np. immunofagocytozę. Fragment Fc jest związany z cytofilnością przeciwciał.

Badania nad budową przeciwciał pozwoliły wniknąć głębiej w budowę ich łańcuchów peptydowych. Okazało się, że każdy łańcuch posiada część stałą(ciemniejszy kolor na schemacie), która jest taka sama u wszystkich przeciwciał danej klasy, oraz część zmienną (jaśniejszy kolor na schemacie), różniącą się wśród przeciwciał o różnej swoistości. Część zmienna łańcucha ciężkiego nosi nazwę VH, zaś łańcucha lekkiego - VL (V od ang. Variable). Części stałe zaś są oznaczone symbolami CH (w łańcuchu ciężkim, C od ang. Constant) i CL (w łańcuchu lekkim), przy czym każda domena części stałej łańcucha ciężkiego jest oznaczona cyfrą. Jak widać, w skład fragmentu Fc wchodzi wyłącznie część stała H, zaś w skład fragmentu Fab - fragment części stałej łańcucha ciężkiego oraz kompletne łańcuchy lekkie. Każde z ramion przeciwciała (Fab) zawiera więc część wiążącą antygen, zwaną paratopem (na rysunku otoczona czerwonym, przerywanym okręgiem), który złożony jest zarówno z fragmentów H, jak i L, funkcje efektorowe natomiast zależą jedynie od H.

3.Apoptoza-czemu jest trudna do wykrycia w stosunku do martwicy<3 podpunkty do odpowiedzi>
-aprogramowaną śmierć komórki w organizmie wielokomórkowym - dzięki temu mechanizmowi usuwane są zużyte lub uszkodzone komórki. Można ją przyrównać do zaplanowanego samobójstwa komórki, mającego na celu dobro całego organizmu. W odróżnieniu od martwicy (określanej także mianem nekrozy), gdzie dochodzi do uszkodzenia jakimś zewnętrznym czynnikiem, apoptoza jest zjawiskiem naturalnym w rozwoju i życiu organizmów

-

Apoptoza, w odróżnieniu od nekrozy, polega na kurczeniu się komórki poprzez utratę wody. Po różnorodnie przebiegającej fazie inicjacji apoptozy zachodzi faza egzekucji zależna od enzymów proteolitycznych z grupkaspaz. Szybkie zmiany w jądrze komórkowym mają charakter zorganizowany - chromatyna jądrowa ulega kondensacji, a DNA zostaje pocięte przez endonukleazy. DNA apoptycznej komórki dzieli się na fragmenty wielkości około 180 par zasad i ich wielokrotności. Następuje dezintegracja cytoszkieletu. Komórka apoptyczna zaokrągla się, traci kontakt z podłożem, rozwijają się na jej powierzchni liczne uwypuklenia. W procesie apoptozyorganelle komórkowe pozostają jednak nienaruszone. Są one usuwane z komórki wraz z fragmentami chromatyny w tzw. ciałkach apoptycznych, pęcherzykach powstałych w wyniku zmian w strukturze błony komórkowej. W większości przypadków są one następnie fagocytowane przez komórki żerne
-Czynnikami powodującymi apoptozę mogą być:

• bodźce fizjologiczne - np. niedobory hormonów (np. zmiany stężenia hormonów steroidowych), czynników wzrostu, jonów (np. jonów wapnia);

• występowanie cytokin - cząsteczek produkowanych przez układ immunologiczny, np interferon;

• oddziaływania międzykomórkowe - na skutek przekazywania błędnych informacji o podziałach komórkowych;

• limfocyty cytotoksyczne (np. przy odrzuceniu przeszczepu);

• czynniki fizyczne (np. promieniowanie jonizujące);

• działalność niektórych patogenów (głównie wirusów);

• wolne rodniki.

4.Najważniejsze procesy w G2 <3 podp. odp.>

następuje synteza białek wrzeciona podziałowego, głównie tubuliny jak również składników błony komórkowej potrzebnych do jej wytworzenia po zakończonym podziale. Pod koniec fazy G₂ dochodzi do syntezy specjalistycznych białek regulatorowych, odpowiedzialnych za przejście komórki w mitozę.
W tym czasie zachodzi synteza białek wrzeciona podziałowego gł. tubuliny oraz składników potrzebnych do odtwarzania błon otoczki jądrowej i plazmalemmy w telofazie i  cytokinezie,  jak  również  wyznaczenie  płaszczyzny podziału (pierścień preprofazowy). Pod koniec fazy następuje uaktywnienie kinazy fazy M.(=MPF,=czynnik przyspieszający dojrzewanie)  co prowadzi do rozpoczęcia i przeprowadzenia mitozy.

5.Co utrzymuje gradient stężeń <H+> między stromą a tylakoidami grana

6.Centralne przenośniki elektronów na podjednostkach a i c (stojana i wirnika)

7.Jakie struktury niszczą wolne rodniki w kwasach nukleinowych,białkach i lipidach błonowych
białka enzymatyczne czy niektóre metabolity reakcji biochemicznych, do drugiej głównie witaminy i mikroelementy. W każdej z tych grup spotyka się i przeciwutleniacze hydrofilowe ("lubiące wodę" i w niej rozpuszczalne, działające głównie w cytoplazmie), i hydrofobowe (rozpuszczalne w lipidowych błonach komórkowych, a nierozpuszczalne w wodzie). Do hydrofilowych zaliczamy witaminę C (kwas askorbowy), glutation, antocyjany (barwniki roślinne odpowiedzialne m.in. za antyoksydacyjne właściwości czerwonego wina), flawonoidy (występujące np. w herbacie czy grejpfrucie). Członkowie drugiej grupy to między innymi: witamina E, ß-karoten (prowitamina A) oraz nasz wewnętrzny "strażnik" - koenzym Q (składnik mitochondrialnego łańcucha transportu elektronów).

8.Dlaczego w mikroskopie elektronowym transmisyjnym należy kontrastować preparat
bo skrawki SA ultra cienkie i bylyby bez tego słabo widoczne

9.Metody ilościowego oznaczania DNA
reakcja PCR
free-Dna?

10.W wyniku jakiej reakcji powstaje CO2 w fotooddychaniu (strukturalnie)

11.Po co jest cykl koenzymuQ w łańcuchu oddechowym
Najważniejszą funkcją koenzymu Q jest przenoszenie elektronów w obrębie mitochondrialnego łańcucha oddechowego. Bierze udział w podstawowych dla życia komórki cyklach przemian metabolicznych umożliwiających wykorzystanie energii zmagazynowanej w wysokoenergetycznych związkach fosforowych, tzn. w kwasie adenozynotrójfosforowym (ATP). Bez Q10, który wchodzi w skład bardzo istotnego dla tych przemian enzymu, nie byłby możliwy tzw. cykl Krebsa ? niezwykle ważny energetyczny cykl przemian metabolicznych.

12.Czym różnią się ziarna od fibryl perichromatynowych

Chromatyna to nieregularna sieć włókien i ziarnistości w jądrze interfazowym określana również jako fibryle chromatynowe.
ziarno (aleuronowe/skrobii)-
proteinoplasty (białka - pod postacią ziaren aleuronowych)
amyloplasty (cukry - pod postacią ziaren skrobi)
lipidoplasty (tłuszcze)

1.Radiogramy wykonane za pomocą jakich pierwiastków posiadają najlepszą zdolność rozdzielczą i dlaczego

Stosuje się takie izotopy jak: Co, Cs, Ir, Tm i Eu

2. Na jakie 3 grupy związków podzielić można przenośniki elektronów w łańcuchu (oddechowym chyba)

3. na jakiej zasadzie opiera sie mikroskopia konfokalna
Mikroskopia konfokalna - odmiana mikroskopii świetlnej charakteryzująca się powiększonym kontrastem i rozdzielczością. Używana do uzyskania wysokiej jakości obrazów oraz rekonstrukcji obrazów w trzech wymiarach.

Zasada mikroskopii konfokalnej w porównaniu z klasyczną świetlną - szerokiego pola, opiera się na usunięciu, przy wejściu do detektora, światła, które wpadło do obiektywu spoza płaszczyzny ogniskowania. Usuwa się także wszelkie odbłyski nie pochodzące bezpośrednio z miejsca ogniskowania. Używa się w tym celu dodatkowej przesłony z otworem, umieszczonej przed wejściem do detektora.

4.czy proces replikacji DNA zachodzi tylko w fazie S cyklu komórkowego? Tak

5. przykład inaktywacji wolnych rodników
zużywanie witaminy E
uszkodzenia białek na drodze inaktywacji enzymów
Czekolada zawdzięcza swoje właściwości inaktywacji wolnych rodników flawonoidom - antyoksydantom, w które obfituje ziarno kakaowe

6. Układ błon siateczki śródplazmatycznej szorstkiej po zastosowaniu metody freeze-facture

7. 2 równania reakcji (wzory strukturalne) związane z aktywnością 2 charakterystycznych enzymów cyklu glioksylanowego (a może innego o podobnej nazwie?)

8. Czym różni sie LHC1 od LHC2

• fotoukład I składający się z centrum reakcji PS I oraz układu antenowego określanego jako LHC I. W centrum reakcji znajduje się para cząsteczek chlorofilu a. PS I działa z maksymalną wydajnością przy długości fali 700 nm stąd stosowane oznaczenie - P 700. Fotoukład PS I występuje głównie wlamelach - tylakoidach stromy. Charakterystyczne dla fotoukładu I są układy antenowego określane nazwą - LHC I (ang. Light Harvesting Complex), w których stosunek chlorofilu a do chlorofilu b wynosi: a:b=4:1.

• fotoukład II składający się z centrum reakcji PS II oraz układu antenowego określanego jako LHC II. W centrum reakcji znajduje się para cząsteczek chlorofilu a. PS II działa z maksymalną wydajnością przy długości fali 680 nm stąd stosowane oznaczenie - P 680. Fotoukład PS II występuje głównie w tylakoidach gran. Charakterystyczne dla fotoukładu II są układy antenowego określane nazwą - LHC II, w których stosunek chlorofilu a do chlorofilu b wynosi: a:b = 1:1.

9. omów histochemiczne metody dehydrogenazy kw. bursztynowego

#35. Metody histochemicznego wykrywania aktywności enzymów oddechowych ze

szczególnym uwzględnieniem dehydrogenazy bursztynianowej.

Reakcja chemiczna na enzymy transportu elektronow polega na wstawieniu takiego akceptora, ktory ze względu na swoj określony potencjał oksydoredukcyjny pobierze w określonym miejscu łańcucha elektrony i ulegnie redukcji nie pozwalając na ich dalszą wędrowkę wzdłuż biologicznego łańcucha. Najprostszym przykładem jest wykrywanie dehydrogenazy kwasu bursztynowego. Dehydrogenaza ta przyjmuje protony ze swego substratu. Jeżeli w środowisku inkubacyjnym znajdować się będzie związek o potencjale oksydoredukcyjnym wyższym niż naturalny biorca elektronow, a więc następny enzym szeregu transportu, to elektron zostanie na niego właśnie przekazany. Taką substancją, sztucznym biorcą elektronow jest w tym przypadku jedna z soli tetrazolowych. Sole te po redukcji zmieniają się w nierozpuszczalne formazany, ktore są związkami barwnymi. Stosując taką reakcję ujawnia się aktywnośc dehydrogenazy kwasu bursztynowego, a rownocześnie wybarwia swoiście mitochondria, ktore są nośnikiem tego enzymu.

10. przedstaw na schemacie budowę jakich tam przeciwciał

dlaczego z jednego FADH i z NADH pochodzących z glikolizy i powstałych poza mitochondrium powstają w sumie 2 cząsteczki ATP a nie trzy

1 zalety mikroskopii skaningowej

2 schemat błon jądra po freeze-fracture

3 rola p53 w apoptozie
W przypadku uszkodzenia DNA komórkowego produkowane jest białko p53 (produkt genu TP 53), które wiąże się bezpośrednio z uszkodzonym DNA i indukuje ekspresję genów hamujących podział komórki (p21), uczestniczących w naprawie DNA (GADD 45) i stymulujących produkcję białek koniecznych do wywołania apoptozy - Bax (produkt genu Bcl-2) oraz białek zwrotnie hamujących produkcję p53 (MDM-2). Wzrost stężenia białka p53 w komórce prowadzi do zahamowania jej podziałów w fazie G1. Jeśli uszkodzenie DNA pozostaje nie naprawione, białko p53 indukuje proces apoptozy, dzięki któremu komórka umiera i nie popełnia błędów. Białko p53 aktywuje proces apoptozy poprzez aktywację produkcji białka Bax, które powoduje wypływ cytochromu c z mitochondriów. Cytochrom c zaś aktywuje kaspazę 9. Białko p53 pobudza również ekspresję receptora Fas w błonie komórkowej.

4 jakimi związkami trzeba potraktować tkankę żeby wykryć polisacharydy, kwasy nukleinowe, tłuszcze

Polisacharydy-KI, kw. Nukleinowe- bromek etydyny, Sudan III lub IV, tłuszcze-sudan III

co to jest klatryna,

Klatryna - białko odkryte i wyizolowane po raz pierwszy (przez Barbarę Pearse w1975), jako główny składnik struktury opłaszczającej jamki klatrynowe (ang.clathrin pits), czyli wpuklenia błony komórkowej komórek eukariotycznych, będących miejscami endocytozy klatryno-zależnej. Klatryna jest także składnikiem płaszcza pęcherzyków transportujących powstałych w tym procesie endocytozy.
Podobny proces, to jest formowania i odpączkowywania pęcherzyków opłaszczonych klatryną, zachodzi także w innych organellach komórki - aparacie Golgiego i w związanych systemach przedziałów błonowych.Cząsteczki klatryny są włączane do fragmentu błony, który ma zostać przekształcony i odpączkowany jako pęcherzyk, przy udziale kompleksów białek adaptorowych. Zależnie od typu komórki, jej przedziału i konkretnego procesu, klatryna może być włączana przy udziale szerokiej gamy białek adaptorowych. Białka te zarówno włączają klatrynę w docelowe miejsce, jak też propagują jej polimeryzację w charakterystyczne wielościennestruktury na bazie triskelionu, które niczym klatka otaczają pęcherzyk.
Pęcherzyki po dotarciu na miejsce docelowe są bardzo szybko odpłaszczane z klatryny, która może być następnie użyta w innym miejscu, a sam pęcherzyk może podlec fuzji z błoną docelową.Jednostki klatryny składają się z trzech łańcuchów ciężkich (masa molowa 180 000 Da) oraz trzech lekkich (20 000 do 40 000 Da).Polipeptydy klatryny są kodowane przez geny o locus, odpowiednio: CLTA - 12q23-q24, CLTB - 4q, CLTC - 17q11-qter, CLTCL1 - 22 q11.2

* podaj dwie reakcje które są charakterystyczne dla cyklu glioksylanowego,

* przykład deaktywacji rodników

* coś tam z tą atpazą i miejscami kanałowymi jak się zmieniają po przejściu przez nie H+ * jakie są przenośniki w łańcuchu odechowym

* kiedy poza fazą S cyklu może zachodzić replikacja DNA

Białko tau

Białko tau (ang. tau protein) - jest białkiem związanym z mikrotubulami (ang. MAP - microtubule associated protein) i odpowiada za ich stabilizację oraz ich wiązanie z neurofilamentami i organellami komórkowymi. Występuje prawie wyłącznie w komórkach nerwowych.

Po raz pierwszy opisane w 1975 w USA (Uniwersytet w Princeton)^[1].

Białko tau warunkuje także odległości między mikrotubulami, od której cechy zależy średnica aksonu. Powinowactwo białka tau do mikrotubul zależy od stopnia jego fosforylacji. Nadmierna fosforylacja (widoczna w mikroskopie elektronowym) powoduje zmiany określane jako zwyrodnienie neurofibrylarne, którego ilość koreluje z nasileniem objawów choroby Alzheimera, co stało się podstawą łączenia anomalii białka tau z patogenezą tej choroby.

Gen kodujący białko tau MTBT1 znajduje się na chromosomie 17 w locus 17q21.1.

---