101912

•    Z drugiej str RIP wydaje się przeszkadzać w ewolucji genomu, biorąc pod uwagę fakt, że duplikacje genów są podstawą do dostarczenia materiału do ewolucji (przystosowywanie się do nowych warunków środowiska przez mutacje).

1.2    Czy elementy zalegają w genomie?:

•    Wykazano, że u N.crassa istnieje niewielka ilość par genów o dużej homologii.

•    Nie ma podobnych genów

•    Im większe podobieństwo sekwencji, tym system RIP mniej atakuje. Jak obserwujemy podobieństwo w 40% to RIP już wcale nie atakuje takiej sekwencji - jest to cecha charakterystyczna dla N. crassa.

Spośród 10 tys genów kodujących białka N^rassa, tylko 6 par (12 genów) ma homologczne >

80% nukleotydów.

•    Niesprzężoną parę genów histonu H4

•    Niesprzężoną parę genów białka tybosomalnego L40e

•    3 pary domniemanych białek, kodujących krótsze sekwencje niż oczywiste minimum wymagane przez RIP

•    Ostatnia para wysoce podobnych genów to para syntez glutaminowych, które mają zupełnie inny układ exonów i intronów i w związku z tym nigdy nie dzielą regionów genomu „wrażliwych” na RIP (np. 400 bp z 80% identycznością nukleotydów)

1.3    Geny powtarzające się, które istnieją pomimo występowania RIP:

•    Rozproszone geny 5S rRNA i tRNA najwyraźniej oparły się procesowi RIP, ponieważ ich długość leży poniżej poziomu poszukiwań RIP.

1.4    RIP i ruchome elementy genetyczne:

•    Deaktywacja sekwencji powtarzających się jest formą obrony pized ruchomymi elementami genetycznymi

•    Badania ujawniły powiązania pomiędzy RIP a inaktywacją retrotranspozonu Tad (transpozon z Adiopodoume) i transpozonu DNA- Punt, wyniki te są zgodne z obserwowanym brakiem transpozycji w licznych dzikich szczepach Neurospora

•    Analiza sekwencji regionów centromerowych grupy sprzężenia VII, wykazała obecność reliktów kilku dodatkowych typów transpozonów, a badanie genomowych sekwencji związanych z metylacją DNA ujawniło występowanie jeszcze większego zestawu transpozonów zinatywowanych przez RIP

Retrotranspozony wymagają odwrotnej transkryptany (odwrotnie do transpozonów).

1.5    Centromery u N.crassa:

•    Wykazują wysoką gęstość sekwencji zmutowanych przez RIP.

•    Najbardziej powszechne są tu retroelementy lub transpozony DNA.

1.6    rid = RIP defectiva

•    Przypuszcza się, że gen ten koduje metylotransferazę DNA (DMT) i enzym DMT-podobny

•    Gen rid jest wysoko konserwatywny w rodzaju Neurospora, a jego homologi są obecne u innych grzybów strzępkowych, np. Aspergillus nidulans.

•    Poza grzybami nie ma genów o wyraźnej homologii do tego genu (rid)