Biofizyka, co Langner powiedział:

1. Jaki mikroskop stosujemy do jakich obserwacji? Chodzi o odległości, jakie rozmiary możemy

zaobserwowad pod świetlnym elektronowym, konfokalnym itd.

2. Skale czasowe, jednostki, odległości (tkanka, molekuła), np. drganie wiązania to 1 fs (10

-15

), a

rotacja już rzędu nano sek – piko sek

3. Podział mezoskala, makroskala, nanoskala, gdzie się kooczy, gdzie zaczyna. Innymi słowy

trzeba wiedzied co czym zmierzyd

4. Czasowa skala w komórce, podział
5. Umied oszacowad, który układ ma wyższą entropię
6. Parametry ruchu, stanu, entropia na wszystkie sposoby, funkcje stanu

7.

8. Energie wiązania: konformacja białka, interakcje hydrofobowe, van der Waals, wodorowe,

oddziaływania elektrostatyczne

9. Zależnośd między Kd i Ka, od czego zależy, co definiują
10. W jaki sposób wyznaczyd Kd (umied tylko dializę i kalorymetrię)
11. I, II zasada termodynamiki, wszystkie liczby, wymiary, kalorymetria, dializa, wiedzied co

definiuje stała i ile wynosi, np. stała Hilla

12. Dlaczego woda jest ważna?
13. Jaką jednostką jest 1 Debye (debaj), jaką ma wartośd i co określa
14. Liczba Reynoldsa, definicja, stosowanie, dlaczego jest taka ważna
15. Co to jest pH (z punktu widzenia biologicznego) czyli, np. parametr krytyczny, włącznik wielu

procesów

16. Definicja pK

a

17. Równanie Hendersona – Hasselbalcha
18. Dlaczego liofilizacja jest bardzo korzystna

19. Średnia prędkośd molekuł definiowana jest wzorem: (

)

20. J = -D dc/dz - gradient stężeo, gdzie D – współczynnik dyfuzji
21. Jednostka współczynnika dyfuzji *D+ = m

2

/s

22. Od czego zależy i co to jest efekt entropowy
23. Podstawowe wzory, jednostki, kiedy układ dąży i dlaczego do maksymalnej entropii

24. Elektrostatyka: od czego zależy oddziaływanie (od przestrzeni, geometrii) jak opisuje się ciała,

które ze sobą oddziałują

25. Zasada superpozycji, pola elektrostatyczne ze sobą oddziałują
26. Prawo Gaussa
27. Strumieo, co definiuje, jak się go opisuje, o czym świadczy jego wartośd
28. Każdej molekule możemy przypisad moment dipolowy
29. Ładunek – dipol: wzór U = - ½ αɛ

0

E

2

….. ważne w nim jest to, że w mianowniku jest r

4

30. Jak w przestrzeni, w której znajdują się ładunki opisad ruch dwóch molekuł; wzór bardzo długi

z gradientami (operatorami Laplace’a ) , ważny jest w nim człon ∑

i

ponieważ opisuje on rozkład ładunków

31. Wnętrze białka inaczej się polaryzuje niż woda związana z nim
32. Co to jest siła jonowa (skład jonowy, ile tych jonów jest)
33. Stała Debay’a, odległośd debay’a (odległośd powyżej której nie widad elektrostatyki)
34. Zdolnośd do polaryzacji, sumy jonów w buforze, odległośd Debay’a, odległośd Bierumna (tak

mam zapisane w notatkach, ale nie ma czegoś takiego w goglach, do sprawdzenia z
prezentacji)

35. Czy oddziaływanie zajdzie czy też nie

36. Wiązanie wodorowe: odległośd, od czego zależy, jaką ma energię, ogólnie co to jest, gdzie

występuje w układach biologicznych

37. Efekt hydrofobowy
38. Molekuły amfifilowe
39. Maksymalną entropię ma woda w wodzie (C=55 mol/dm

3

)

40. Woda ma największy wpływ na entropię, dużo większy niż lipidy w niej zawieszone
41. Współczynnik podziału: jeśli weżniemy układ dwufazowy i wrzucimy do niego molekułę, to

stężenie wody i oleju jest nazywane współczynnikiem podziału

42. Położenie określonych grup w czasie nie jest ustalone, nie są połączone kowalencyjnie, to

woda jest zmusza do takiego, a nie innego położenia

43. Podział dwuwarstwy lipidowej: woda (inna niż woda w wodzie), granica faz, miękki polimer,

dekan + charakterystyka tych obszarów

44. Współczynnik dyfuzji, podział dwuwarstwy, materiał zakotwiczony w dwuwarstwie porusza

się, czemu służy efekt hydrofobowy

45. Funkcja, charakterystyka, powstawanie błon biologicznych (tworzą przedziały, regulują

transport, etc.)

46. Dlaczego błona musi byd asymetryczna, bo ma kontakt z różnymi środowiskami (zewn. i

wewn.)

47. Elektrostatyka przy powierzchni komórki jest inna
48. Stężenie jonów sodu, wapnia i potasu w komórce i na zewnątrz
49. Elektrostatyka błony: pojemnośd, opornośd, napięcie powierzchniowe, przepuszczalnośd
50. Od czego zależy potencjał błonowy (od rodzaju roztworu od odległości)

51. Elektrokinetyka od czego zależy ta siła (od natężenia)
52. Elektrokinetyczna metoda polega na tym, że indukujemy natężenie pola, który generuje ruch

molekuły

53. Zasada działania chipów komputerowych: należy działad polem elektrycznym na neutralną

molekułę, pod warunkiem, że pole to będzie niejednorodne w czasie i przestrzeni a stałe
dielektryczne będą różne

54. Co oznacza logP i czego jest miarą
55. Stężenie przy powierzchni błony jest inne niż w jej wnętrzu
56. Wpływ ładunku na wiązani z błoną: co się dzieje, gdy receptor oddziałuje z błoną i molekuła

zwiąże się do niego niespecyficznie, jakie warunki muszą panują

57. Współczynnik przenikania P = (DKp)/d

58.

ostatni czynnik to gradient stężeo

59. Błona półprzepuszczalna przepuszcza rozpuszczalnik, ale nie substancję rozpuszczoną
60. 10 mmol/litr glukozy = 10 miliosmów/litr

10 mmol/litr NaCl = 20 miliosmów/litr (bo NaCl dysocjuje na dwa jony= jest dwa razy więcej
jonów)

61. Warunek równowagi osmotycznej
62. Woda płynie od niskiego ciśnienia osmotycznego do wysokiego ciśnienia osmotycznego
63. Potencjał Nernsta
64. Przejście jonów na drugą stronę błony generuje potencjał, który zahamuje dalsze przenikanie

jonów

65. Biosensory

66. Prawo Ficka
67. Transport aktywny: białka typu P, typu, V, typu F (ATP-aza), ABC
68. Pompy elektrogenne i elektroneutralne
69. Porównanie mechanizmów transportu
70. Pory: kanał sodowy, gramicydyna, acetylocholina z jaka szybkością przenikają przez błony

[jon/sek]

71. Właściwości kanału potasowego: zasada działania, warunek selektywności, budowa
72. Do czego służy licznik Coultiera i na jakiej zasadzie pracuje

73. Znad sekwencję zdarzeo przy przekazywaniu impulsu nerwowego
74. Kanały pozwalają przepuszczad prąd: w wyniku zmiany potencjału, bramkowania ligandem,

obecności czynników fizycznych, fosforylacji

75. Jakie trzy czynniki selekcyjne musi posiadad kanał
76. Potencjał spoczynkowy błony będzie bliżej potencjału Nernsta dla jonu potasu
77. Co to jest potencjał spoczynkowy Nernsta
78. Warunki dla sodu i potasu, kiedy mogą one wejśd do komórki
79. Rola jonów potasu na zewnątrz komórki
80. Co to jest potencjał błonowy
81. Potencjał błonowy jest 0-1, albo jest albo go nie ma

The End